실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
colony PCR 질문 입니다.
레벨1 An (대학원생)
colony PCR을 진행하다가 막혀서 질문 드립니다
유전자 A, B 사이에 C를 넣고, ligation 진행한 뒤 유전자 C 가 들어갔는지 확인하기 위해 colony PCR을 진행했는데, 예상하던 결과가 아니라서요
유전자 A, B 를 PCR 하면 600 bp정도가 나오고, C유전자를 포함하게 되면, 1100 bp 정도 나오는 상황입니다.
유전자 AB가 포함된 플라스미드와, 유전자 AC'B가 포함된 플라스미드로 PCR 을 진행하여 PCR 자체는 가능하다는걸 확인했습니다.
예상대로라면, 들어가지 않으면 600 bp, 들어가면 1100bp 가 나올것이라 예상했는데, 100 bp 정도의 자잘한 DNA가 뭉친 밴드가 보입니다.
추측으로는
AB가 잘렸으나 다른 enzyme로 잘라서 ligation이 되지 않아 PCR이 진행되지 않음.
= 유전자 C가 안들어감
이라고 생각합니다.
추측이 맞을까요?
아니면 유전자가 들어가지 않더라도 PCR 결과가 600bp 정도가 나와야 할까요?
Ligation 은 16도, 18h 진행했습니다.
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