[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 실험
2019 Bio Top5 인터뷰
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2
전체보기 안전점검 논문교환 LABox
 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
조회 1033  스크랩 인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
질문 genomic DNA의 Tm 값 구하는데 도와주세요ㅠ
알이지지지짛(과기인)  |  2019.12.12 15:59

논문을 찾아보다 보니 

genomic DNA의 Tm 값을

real time PCR로 melt curve를 이용해서 구하더라구요

논문에 나온대로 70도에서 15초 이후  70도에서 98도로 초당 0.1도 증가 

로 세팅하여 pcr 수행했습니다. 

논문에서는 SYBR green 1 을 4000X 혹은 10000X로 사용하라고 했는데

실험실에는 SYBR green master mix만 있어서 이걸 사용했습니다. 

예상으로는 각 샘플당 meling curve가 깨끗하게 나오고 Tm값을 구할수 있을거라고 생각했는데, multi peak가 존재하여 Tm 값을 구할수가 없었습니다. 

 

genomic DNA 의 Tm 값을 구할때 어떻게 하셨는지 궁금합니다. 

 

#Tm
 
#DNA
 
#real time PCR
답변하기
검색광고 검색광고
[(주)필코리아] NEB(New England Bio labs) 한국총판 필코리아에 주문하세요!
NEB (New England Bio labs) 한국총판 필코리아입니다. 저렴하고 빠른 배송으로 고객의 연구비와 시간을 절약해드립니다. 전국 어디서나 주문하세요. T:02-2105-7020, F:02-2105-7025, mail: info@philekorea.co.kr
답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
올챙이CHINyo76_philekorea  |  2019.12.13   

melting curve 그래프를 같이 올려주셨으면 더 좋을텐데 아쉽네요.

먼저 melting curve로부터 multi peak가 존재하여 Tm 값을 얻을 수 없었다고 하셨는데, 일단 curve가 확인되었다면 sybr green 1의 농도문제는 어느정도 접을 수 있다고 생각됩니다. 

genomic DNA를 PCR amplification 후에 melting curve를 확인하셨다면,

몇가지 이유가 있을 수 있습니다.

첫번째로 가끔 저도 그런 경험이 있었으나 나타나는 부분이 primer dimer로서 이 경우 cycle 수를 25 - 30이내로 하여 어느정도 줄일 수 있었습니다.

두번째는 genomic DNA가 작게 break되어 있는 경우도 있습니다. 이 경우는 template DNA를 전기영동으로 확이하시면 판단가능 하실겁니다.

세번째는 primer design의 문제가 있을 수 있습니다. dimer와 조금 다른 이야기 인데 확률은 적으나 아무래도 genomic DNA이다보니 homologus가 높은 non-target DNA sequence 부위에서 non-specific PCR 반응이 일어나는 경우가 있을 수 있습니다. 

마지막으로 Tm value를 잘 확인하시고 논문을 참고하셨다면 참고 논문의 장비, 시약, template 조건 등을 확인하시어 실험자의 조건을 잡아야할 필요가 있습니다.

도움이 될지는 모르겠으나 저도 그런 경험이 있어 몇자 적습니다.

답변하기
할인행사 광고 검색광고
에펜도르프코리아 에펜도르프코리아
Eppendorf New 25mL Conical Tubes : 혁신적인 디자인과 다양하고 편리한 사용 (4.1까지)
프리미엄 등록안내
외부제휴사 광고 AD
e브릭몰
βeta
5/6  좌우
415,400395,000
153,100145,000
77,20073,000
98,90094,000
28,00027,000
98,10093,000
671,700638,000
75,40072,000
81,30077,000
53,70051,000
51,50049,000
80,40076,000
136,000129,000
178,700170,000
162,500154,000
406,000386,000
50,00048,000
39,40037,000
120,900115,000
242,400230,000
107,900103,000
264,400251,000
217,600207,000
37,60036,000
최근등록   더보기 >
transformation할때 재조합이 잘 안 됩니다....   01.25
cre-lox system에 관해서 궁금한 것이 있습니다.   01.25
국내에 실험도구 수리하는곳이 있을까요?   01.24
dextran sodium sulfate 제조   01.23
western blot 시 denaturated protein에 antibody가 어떻게...   01.23
EMT6 세포주 분양 요청드립니다.   01.23
LPS와 샘플 병용처리시 일어나는 cell death   01.23
suspention cell U937 알려주세여~   01.22
세포의 최소 배양조건이 있을까요?   01.22
mouse xenograft tumor tissue FACS   01.22
데일리파트너스
ZEUS
위로가기
실험 홈  |  실험FAQ  |  실험 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS