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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 Taq polymerase에 대한 질문
알Wngpzzang(대학생)  |  2019.12.12 15:39

16S rRNA 서열 분석 할 때, 오류 발생이 더 적은 Pfu를 사용하지 않고, Taq을 사용하는 이유가 Taq이 A를 첨가해서 인가요..? 아니면... 가격?? 그정도  오류 발생은 이해할 수 있어서 더 싼걸 이용하는 건가요?

정확한 이유가 무엇인지 알려주시면 감사하겠습니다!.

#Taq
 
#PCR
 
#16S rRNA
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
올챙이CHINyo76_philekorea  |  2019.12.12   

아마도 taq DNA polymerase를 사용하는 이유는 가격, 반응시간 때문이라 생각됩니다. 적어도 저는 그랬습니다. 

그러면 3' to 5' exonuclase activity (proofreading)가 없어 오류발생 비율이 비교적 높은 taq을 사용해도 되는가 하는 문제가 있을겁니다. 하지만 taq의 경우 reaction cycle이 30을 넘어서면서 error rate이 급격이 증가한다고 알려져 있습니다. 따라서 bacteria에 많은 copy 수를 갖는 16s rDNA region의 경우 적은 reaction cycle로 비교적 error rate이 낮게 PCR product를 확보할 수 있습니다.

 결과적으로 sequencing raw data의 일부 서열위치에서 error가 나타나더라도 main peak에 비해 상대적으로 낮은 signal로 영향을 주지 않을 수 있고, 영향을 주는 경우 확보된 전체 서열 중에서 소수에 영향을 주기 때문에 bacteria species를 판단하는데 영향을 주기 어렵습니다. 일반적으로 bacteria species 구별하는데 서열 유사성이 97% 이하인 경우 신종으로 구분합니다. 따라서 taq DNA polymerase의 error rate이 비교적 높다고 하더라도 종 구분에 절대적인 영향을 미친다고 할 수 없습니다

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