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질문 SDS-PAGE에서 상등액과 pellet의 차이
알택구(대학생)  | 2019.12.11 23:55

SDS-PAGE 실험을 진행했는데,

미생물 4개를 전기영동에 넣어 주고 진행하였습니다. (원심분리 후 각각 pellet과 상등액을 넣어주어 총 8개)

상등액보다 pellet이 더 눈에 띄게 검출되었는데, 그 이유가 무엇인가요?

#sds-page
 
#pellet
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리강시  |  2019.12.12   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

항상 supernatant가 pellet보다 단백질 양이 많은 것은 아닙니다.

pellet에 특정 inclusion body가 많다면 전체 pellet 단백질에서 그 단백질만 매우 진한 밴드로 보이면서 전체적인 pellet 양이 많아 보이기도 합니다.

cell pellet을 buffer에 넣어서 sonication을 한다고 했을때,

cell이 잘 깨지면 supernatant가 많아지고, 잘 안깨지면 pellet의 단백질 양이 상대적으로 많아집니다.

Cell 이 불완전하게 깨지는 것을 걱정하신다면 방법을 바꿔보세요.

cell suspension을 액체질소(-ethanol bath)에 넣어서 얼렸다가 37도시로 옮겨서 녹이고, 를 두어번 반복하면 cell이 안전히 깨져서 cell suspension이 끈적거릴 정도가 됩니다. 이걸 sonication하면 cell이 완전히 깨집니다.

대왕개구리SPEED  |  2019.12.12   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

질문의 실험에서는 sup와 ppt의 부피당 단백질 농도에차이가 나서 그렇습니다.

일반적으로 준비한 시료에서는 sup이 ppt보다 단백질 농도가 낮습니다.

그러나 sup이 전체 부피가 많기 때문에 단백질 총량은 많습니다.

sup과 ppt의 부피를 동일하게 해서 전기영동 해보면 다른 결과가 나올수

있습니다.

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