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 전체 > Microbiology > Bacteria
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질문 16srRNA결과 uncultured bacteria 결과가 나왔습니다ㅠㅠ
알미닛메이드(대학생)  | 2019.12.11 21:47

cell로 시퀀싱 의뢰를 했는데

acnes 균주를 보냈는데 아래와 같이 uncultured bacteria도 섞인 결과가 나왔습니다ㅠㅠ 

컨탐이 된걸까요 아니면 분석결과가 부정확하다고 봐야할까요ㅠㅠ

upload_image

#16srRNA
 
#시퀀싱
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리강시  |  2019.12.12   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

unclutured는 말 그대로 배양이 되지 않은 어떤 세균의 16S rRNA 염기서열입니다.

세균은 학인되는데 (또는 확인이 안되어도) 배양이 안되면 PCR로 16S rRNA를 증폭해서 sequencing을 합니다. 그때 확인된 sequence 라는 의미이며 님의 균주의 16S rRNA 염기서열과 일치했다는 의미이지 오염된 것은 아닙니다.

metagenome 할때 저런 배양되지는 않지만 PCR 증폭되는 염기서열이 많습니다.

꽃개구리Applied_Microbe  |  2019.12.12   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

저 Uncltured/environmental sample sequence 에 체크하고 진행하시면 보기 편하실거 같네요

upload_image

16s  |  2019.12.13    
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

https://www.ezbiocloud.net/

에서 16S-based ID 도 해보시고

BLAST와 비교해보시는 것도 좋을 것 같습니다.

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