실험 Q&A Microbiology > Fungi
곰팡이 genomic DNA 추출
레벨1 woo1582 (대학원생)
안녕하세요. 미생물을 전공하고 있는 학생입니다.
이번에 곰팡이는 처음으로 gDNA를 추출하려고 하는데 잘 되지 않아서요.
Aspergillus sp. 이고 Phenol extraction, BioFact gDNA extraction kit, MP soil extraction 등 여러가지 시도를 해봤는데 잘 추출이 안되어서요...
궁금한점 몇가지 적어봅니다.
1. Nanodrop으로 측정했을 때랑 Qubit Fluorometer로 측정하였을 때 차이가 너무 심해서 왜그런거인지요? 그리고 겔에 밴드가 보이지 않는 것은 없는 것이라 생각해야겠죠?
2. 처음에 cell을 harvest할 때 어느 정도 키우고 어떤 방식으로 회수해야 할까요? (ex, 5~6일 정도 키운 포자를 filter paper에 걸러 동결건조 이런식으로)
3. 저희 실험실에서는 액체질소를 사용하지 않아 동결건조 후 막대사발로 으깨고 했는데 이 자체로는 문제가 없나요?
4. 10번 슬라이드(첨부파일 참고)에서 보듯 전기영동 결과가 위와 같은데 100bp 이하에 있는 것은 shearing된 DNA인가요?? 만약 그렇다면 이 상태로는 sequencing 진행이 불가한 것이지요?
5. 추천해주실만한 prtocol이나 kit 등이 있으면 말씀해주세요.
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