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 전체 > Microbiology > Fungi
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질문 곰팡이 genomic DNA 추출
알woo1582(대학원생)  |  2019.12.10 21:13
첨부파일 파일첨부: Fungi DNA extraction.pptx (941 KB)

안녕하세요. 미생물을 전공하고 있는 학생입니다.

이번에 곰팡이는 처음으로 gDNA를 추출하려고 하는데 잘 되지 않아서요.

Aspergillus sp. 이고 Phenol extraction, BioFact gDNA extraction kit, MP soil extraction 등 여러가지 시도를 해봤는데 잘 추출이 안되어서요...

궁금한점 몇가지 적어봅니다.

1. Nanodrop으로 측정했을 때랑 Qubit Fluorometer로 측정하였을 때 차이가 너무 심해서 왜그런거인지요? 그리고 겔에 밴드가 보이지 않는 것은 없는 것이라 생각해야겠죠?

2. 처음에 cell을 harvest할 때 어느 정도 키우고 어떤 방식으로 회수해야 할까요? (ex, 5~6일 정도 키운 포자를 filter paper에 걸러 동결건조 이런식으로)

3. 저희 실험실에서는 액체질소를 사용하지 않아 동결건조 후 막대사발로 으깨고 했는데 이 자체로는 문제가 없나요?

4. 10번 슬라이드(첨부파일 참고)에서 보듯 전기영동 결과가 위와 같은데 100bp 이하에 있는 것은 shearing된 DNA인가요?? 만약 그렇다면 이 상태로는 sequencing 진행이 불가한 것이지요?

5. 추천해주실만한 prtocol이나 kit 등이 있으면 말씀해주세요.

#gDNA
 
#fungi
 
#agarose gel
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  2019.12.10   

PPT를 보니 많지는 않지만 약하게 추출은 되는것 같습니다.

현재 추출하는 protocol이 어떻게 되나요?

저분자에 나온 band는 RNA입니다.

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