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질문 real time pcr에서
알서뚜니(대학원생)  |  2019.12.10 14:49
첨부파일 파일첨부: 그림1.jpg (54 KB)
이미지 첨부파일

real-time PCR을 돌리고 나서

melting curve를 확인했을때, 보통 curve가 하나로 나와야하는데

두개로 나올 때는 어떻게 생각해야될까요!?

 

저기서 샘플 몇개에서만 curve의 위치가 다르다면

그 샘플이 이상하다고 생각하고 넘기는데, 그림처럼 여러개의

샘플들이 두 개의 curve로 나뉜다면 무엇이 문제일까요!?

#real-time pcr
 
#melting curve
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histone  |  2019.12.10    
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

primer dimer 확인해보심이 좋을듯하네요.......

대왕개구리안재진  |  2019.12.10   

지금 그래프가 프라이머 1종류의 그래프인가요?

서뚜니  |  2019.12.10    

네 한종류의 primer입니다 ㅠㅠ

dimer 확인은 따로 하는 방법이 있나요!?

 

사실 그냥 돌리는 방법만 알아서요 ㅠㅠ

 

대왕개구리안재진  |  2019.12.11   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.
픽은 하나네요
dimer 는 아니고 다른 사이즈의 밴드가 있습니다
젤을 걸어보면 dimer 인지 다른 사이즈 밴드가 증폭되었는지 알수 있습니다
꽃개구리느림보  |  2019.12.11   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

젤에 걸어 봐야 판단이 되겠지만, 통상적인 길이의 프라이머라면 primer dimer의 피크는 80도 이하에 나옵니다. 

프라이머의 specificity에 문제가 없다면, genomic DNA 오염(인트론을 낀 증폭)이거나 alternative splicing form 발현이거나 할 듯 합니다. 그런데 중간에 어떤 샘플은 양쪽 피크에 다 걸쳐져 있네요. 

genome browser에서 gene 모델을 보면, genomic인지 alternative form인지가 판단할 수 있을 겁니다. 

 

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