점성이 있는 물질은 염색체 DNA입니다.
초음파를 조금 처리하면 DNA가 깨어져 점성이 없어지며 DNase I을 조금
처리해도 점성이 없어집니다.
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n_jyoung92@naver.com
(대학원생)
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19.12.09 13:23
답변 감사합니다. 확인이 너무 늦었습니다...
1. sonication 이나 DNase 를 넣어서 점성을 없애야 sample로써 사용할 수 있는건가요?? 지금 제가 취한 액체는 사용할 수 없는 건가요??
2. 저희 연구실에는 probe가 달린 ultrasonication이 아닌 물에서 진행하는 sonication 기계가 있기는 한데 이 기계를 이용해도 괜찮을까요??
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BlackSmile
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19.12.09 16:53
13000rpm로 Centrifuge를 하고 난 후에 상층액만 조심스럽게 땄다면 (원심분리를 하게 되면 DNA와 같은 점성이 있는 물질들은 tube 밑으로 가라앉음) 상층액을 사용해도 상관없습니다.
상층액을 Pipet으로 딴 후 loading할 때 실처럼 주~욱 늘어나는 느낌이 있다면 왠만하면 실험에 사용하지 않는 걸 추천드립니다. 점성 때문에 전기영동할 때 결과가 이상하게 나오는 경우가 많습니다.
DNase I를 처리하게 되면 DNA가 분해되면서 점성이 없어지므로 바로 실험에 사용할 수 있으니 참고해주세요.
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레벨5
n_jyoung92@naver.com
(대학원생)
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19.12.09 19:16
답변 감사합니다!
1. DNase 1을 사용하면 안되는 세포도 따로 있나요? 저희 연구실은 인간 유래 피부세포인데 사용해도 무방할까요??
2. 제가 지금 컬렉해놓은 샘플에다가 사용하면 되나요?!
3. 이후에 샘플 프렙 시 어느 단계에서 DNase1를 사용하는 건가요?
4. 어느 글에서 봤는데, 피펫으로 업다운해서 풀어주는 경우도 있다고 하는데 가능한가요?
5. 상층액을 조심스레 따는 것 말고, 반대로 실타래 같은 pellet을 먼저 피펫으로 빨아들여 제거한 후 컬렉을 하는 것도 괜찮을까요??
노하우가 있으시다면 부탁드립니다....
1. DNase 1을 사용하면 안되는 세포도 따로 있나요?
저희 연구실은 인간 유래 피부세포인데 사용해도 무방할까요??
: lysate에 처리하는 것이므로 세포와 관계가 없습니다.
2. 제가 지금 컬렉해놓은 샘플에다가 사용하면 되나요?!
: 네..
3. 이후에 샘플 프렙 시 어느 단계에서 DNase1를 사용하는 건가요?
: RIPA 처리 후 또는 초음파 처리 후에 DNase를 반응을 하면 좋습니다.
4. 어느 글에서 봤는데, 피펫으로 업다운해서 풀어주는 경우도 있다고 하는데
가능한가요?
: 크게 점성이 줄지는않습니다.
염색체가 짧은 단편으로 잘려야 점성이 사라집니다.
5. 상층액을 조심스레 따는 것 말고, 반대로 실타래 같은 pellet을 먼저 피펫으로
빨아들여 제거한 후 컬렉을 하는 것도 괜찮을까요??
: 큰 점성은 제거가 가능해도 부분적으로 퍼져있기 때문에 lysate loss를 감안
하면 어느정도 제거가 가능합니다.
하지만 조금이라도 점성있는 단편이 lysate에 들어 있으면 SDS-PAGE 할때
방해를 줍니다.