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gap이 생기면 sequencing용 library를 다시 sequencing 합니다.
library 라는 것이 plasmid이거나 lambda 클론입니다. insert의 길이가 길어서 양 말단을 읽어도 가운데 부분이 겹치지 않기도 합니다.
이들 클론을 sequencing하면 두 말단 중 어느 한 말단이 contig와 겹치는 것을 찾을 수 있습니다. 그것이 그림 1입니다.
그런 클론들을 모으면 contig의 말단을 길게 더 이어주는 contig를 만들 수 있습니다. 그것이 그림의 2번 입니다.
그래도 gap이 닫히지 않으면 다시 그 gap의 말단과 sequence가 겹치는 클론을 찾아서 쿨론의 다른쪽 말단을 sequenciong하고 새로운 contig를 만들면 최종적으로 두 contig의 말단이 겹쳐지고 gap filling이 됩니다
gap closing도 여러 방법이 있지만, 예시로 든 도해는 iterative mapping과 local assembly를 조합한 방법이네요.
contig assembly에 사용된 PE read 중에서 말단에 붙은 것들은 coverage와 depth가 부족해서 한쪽이 안붙은 상태가 많이 있습니다. 그 안붙은 쪽 나머지가 갈색으로 표시된 read 들입니다 (contig A에 한쪽만 걸쳐진 PE read의 나머지쪽).
일차적으로, 그런 unpaired read의 다른쪽을 모아서 그부분만 재조립해서 작은 contig를 만들거나 기존의 것에 이어가는 방식으로 채워갑니다.
그 다음은 기존 contig assembly에 포함안된 read 들을 다시 붙여서 나머지 gap을 interation으로 채워갈 수 있습니다. 이때 Paired 정보도 이용하는 거구요.