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방향성하고는 상관없으며 PCR 증폭을 어디에서 어디까지하느냐에 따라
F/R primer를 디자인하면 됩니다.
원하는 부위가 어디에서 어디까지입니까?
파란색으로 표기된 부분인, CaMV 35S 프로모터와 NOS 프로모터 사이의 시퀀스를 이용해서 프라이머를 제작하고 싶습니다!...
Addgene 에서 View All Sequences 를 누르면 여러 서열자료가 나오는데, 전체 서열이 들어있는 파일을 하나 선택해서 눌러보면 등록된 유전자 정보가 기록된 서열 페이지가 열립니다. 제시하신 pHAtC 플라스미드를 보면,
이런 식으로 나오게 되는데, 여기서 프라이머를 짤 수 있습니다. 뒷쪽의 CaMV 35S promoter 상위부분도 화면을 스크롤해서 내리고 작업하세요. 프라이머짜는 거니까 gRNA scaffold 쪽은 5'-AAAAAAGCACCGACTCGGTG 가 들어가도록 하고, 앞쪽에 적당한 클로닝용의 부가서열을 추가하고, 뒤쪽의 프라이머는 AtU6-26 프로모터의 시작서열에 맞춰서 5’-GAATGATTAGGCATCGAACC 정도로 하면 되겠네요.
*)
Addgene 안에서만 서열을 작업하기가 힘듭니다. 보통은 Genbank 포맷으로 서열을 다운받은 후에 적당한 프로그램을 써서 이런저런 작업을 하게 됩니다.
*) 벡터를 제작하시는 듯 한데, 비슷하거나 똑같은 작업을 한 사람들이 이미 있습니다. 수소문해보시면 적당한 것들을 찾을 것 같네요.