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질문 벡터 읽는방법ㅠㅠ
알우앙(대학원생)  |  11.29 16:54

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145571_map

 

안녕하세요 고수님들 

초보대학원생입니다. CaMV 35S promotor NOS promotor 사이의 시퀀스를 이용해 프라이머제작을 하려고하는데요. 

CaMV promotor 와 NOS promotor의 방향성이 달라 헷갈립니다.

제가 생각한 것은 CaMV promotor의 3' 부터 NOS promotor 시퀀스까지의 시퀀스를 이용하여 프라이머를 제작하는것인데요. 

이게맞는지도 확신이들지않습니다. 고수님들의 의견이 필요합니다ㅠ..부탁드립니다!....

 

#벡터
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.

방향성하고는 상관없으며 PCR 증폭을 어디에서 어디까지하느냐에 따라

F/R primer를 디자인하면 됩니다.

원하는 부위가 어디에서 어디까지입니까?

대왕개구리SPEED  |  11.29 17:00  

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파란색으로 표기된 부분인, CaMV 35S 프로모터와 NOS 프로모터 사이의 시퀀스를 이용해서 프라이머를 제작하고 싶습니다!... 

우앙  |  11.29 18:53   

Addgene 에서 View All Sequences 누르면 여러 서열자료가 나오는데전체 서열이 들어있는 파일을 하나 선택해서 눌러보면 등록된 유전자 정보가 기록된 서열 페이지가 열립니다제시하신 pHAtC 플라스미드를 보면

upload_image

 

이런 식으로 나오게 되는데, 여기서 프라이머를 있습니다. 뒷쪽의 CaMV 35S promoter 상위부분도 화면을 스크롤해서 내리고 작업하세요. 프라이머짜는 거니까 gRNA scaffold 쪽은  5'-AAAAAAGCACCGACTCGGTG 들어가도록 하고, 앞쪽에 적당한 클로닝용의 부가서열을 추가하고, 뒤쪽의 프라이머는 AtU6-26 프로모터의 시작서열에 맞춰서 5’-GAATGATTAGGCATCGAACC 정도로 하면 되겠네요.

*)

Addgene 안에서만 서열을 작업하기가 힘듭니다. 보통은  Genbank  포맷으로 서열을 다운받은 후에 적당한 프로그램을 써서 이런저런 작업을 하게 됩니다

*) 벡터를 제작하시는 듯 한데, 비슷하거나 똑같은 작업을 한 사람들이 이미  있습니다. 수소문해보시면 적당한 것들을 찾을 것 같네요. 

꽃개구리느림보  |  12.01 12:25  
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