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질문 DNA 농도, purity 높이기
알Skylar(과기인)  |  11.16 22:40
현재 위암 조직에서 DNA, RNA를 추출하고 있는데요
조직을 정말 원시적인(?) 방법으로 부수고 있구요
Qiagen사 mini kit의 RLT buffer를 이용해서 lysis를 하는데 조직 powder 30mg에 RLT 1200ul씩 쓰고 있습니다
kit의 column으로 DNA, RNA 분리하고 나면 DNA만 Qiagen kit 이용해서 추출하구요, RNA는 mirVana kit 이용해서 추출합니다.
RNA는 농도도 적당하고 깨지지도 않는데 DNA가 문제여서요..
마지막에 DEPC water 30 ~50ul 이용해서 추출하는데, nano drop으로 찍으면 농도가 20 ~ 40ng/ul 밖에 안나와서 양이 너무 부족해요..
업체측에서는 whole genome sequencing이랑 methylation 둘다 해야해서 총량 4ug을 요구하니.. 턱없이 부족하죠..
조직양은 정해져있고 그래서 trizol로 추출해봤는데요
알려주신 박사님이 chloroform은 RNA뽑을때만 해도 된다고 해서 이 단계를 생략하고 해서 그런가 purity가 엉망이에요 프로토콜 상에서는 chloroform 안하면 DNA에 critical하다는데 박사님은 왜 안해도 된다했는지 모르겠지만.. 물론 박사님이랑 같이했을 땐 purity 잘 나왔는데 저 혼자 해서 그냥 손 탄 것 같은데.. 막 0.6 이렇게 나와요.. purity 이렇게 낮은데 업체측에서 받아줄까요... 좀 도와주세요ㅠㅡㅠ

1. kit 이용해서 DNA 추출할 때 농도 높이는 방법
(조직양도 늘려보고 RLT양도 늘려보고 말리는 단계에서 좀 더 오래 둬보기도 하고 마지막 추출 단계에서 좀 오래둬보기도 하고 별거 다 해본것 같은데..ㅠㅠ)
2. trizol 이용해서 DNA 추출할 때 purity 높이는 방법
3. trizol로 이미 추출한 DNA purity 높이는 방법

부탁드립니다ㅠㅡㅠ
#DNA
 
#trizol
 
#purity
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