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무슨 실험인지 또는 뭘 보려는 실험인지에 따라서 답은 조금 다릅니다.
실험군이 어떤 처리를 했는지 모르겠으나 단백질 발현에 영향이 없다면 sup이든 ppt든 차이가 없는게 맞습니다.
가령 IPTG inducile 벡터에 IPTG를 처리한 것이 실험군이라면 과발현된 단백질이 보일 수도 있습니다. 이때도 과발현된 단백질 이외의 다른 단백질들의 발현량도 미묘하게 변하기도 합니다.
일반적으로는 실험군과 대조군에서 sup과 ppt에서 차이가 없어도 2-DE를 하면 발현량의 차이를 보이는 단백질을 찾을 수도 있습니다.