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불가능하지는 않습니다. (그렇지만 쉽지는 않을것입니다.)
단백질의 일부를 발현한다해서 100% soluble하게 나온다는 보장도...
또 안정하게 활성을 가진다는 보장이 없다는게 허들이네요...
물론 단백질 정보 사이트등을 이용해 어느정도 사이즈로 발현시킬지를 유추해볼수는 있겠죠... 또 교수님은 어느정도의 사이즈를 생각하시는지도 고려해야 할것 같네요...
너무 작은 사이즈라면 활성도가 없을수도 있고, 문헌조사가 충분히 이루어지고, 여러 사이즈로 발현해보고 그중에서 최선을 선택해봐야 할것 같습니다.
참고로 큰사이즈의 단백질에서 2/3만 클로닝해서 활성을 본적은 있습니다.(문헌참고해서요)
그렇지만 문헌도 없이 활성을 유지하는게 노가다가 될것 같네요...
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레벨6
visavis
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19.11.14 12:53
그건 해봐야 아는거라 생각합니다.
실제 그런식으로 액티브 코어 부분만 클로닝해보면 수퍼활성을 보이는 경우가 많습니다. 물론 그 코어 부분을 지탱해줄 최소한의 구조가 만들어져야 하니 어디를 얼마만큼 자를것인가는 2차 구조 예측 프로그램 결과를 보고 이것 저것 순차적으로 잘라봐야 합니다. 아미노산 두어개 차이로 구조가 깨져서 활성이 사라지기도 합니다.
그리고 단백질 구조가 꽁꽁 묶인 실처럼 매듭지어진게 아니라 도메인 단위로 접혀서 얹혀지다시피 3차 구조를 이루는 경우가 많기 때문에 절단을 한다고 해서 무조건 구조가 틀어지는건 아닙니다.
active site라는 것이 상당히 복잡하게 인근 아미노산과의 interaction에 의해
만들어지고 구조를 유지하기 때문에 가능 할수도 있고 불가능할 수도 있습니다.
실제로 실험을 해봐야 성공 가능성을 알수있을겁니다.
님이 실험하는 단백질 또는 그와 유사한 단백질을 찾아보세요. 혹시 구조결정을 한 논문이 있는지.....
경정돤 구조를 살펴보면 active site를 포함하는 덩어리 구조와 조절에 관여하는 덩어리로 구성되는 경우가 있습니다. 또는 3차원 구조가 적당히.... 또는 무슨 꽈배기 도넛이 반으로 접혀져 있는 것처럼 보이는 경우도 있습니다.
그런 경우는 접혀진 꽈배기 도넛의 접힌 부분을 잘라 보는게 제일 편한 시도방법입니다.