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membrane 폰슈염색 해보셨나요? 폰슈염색으로도 윗부분의 비어있는 형태가 나타나면 transfer가 잘못된 것입니다.
무슨 항체를 쓰셨는지는 모르겠지만 항체가 꼭 하나의 단백질을 잡아내지는 않습니다. 사이즈마커와 비교해서 시트지에 있는 사이즈와 같은 위치의 단백질을 찾아서 분석하시면 됩니다.