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질문 [답변]
Hi  | 2019.08.21 17:45
답변있는 질문은 수정/삭제 불가(☞문의)

DNA sequencing 분석에 ABI 3730XL 장비를 사용하고 있습니다. ABI 3730XL  capillary array lenghts 에 따라 다르기는 하나 분석회사에서는 보통 700bp ~ 900bp를 보장해주고 있습니다. sequencing 분석시 사용되는 primer가 DNA(plasmid or PCR product)에 binding 한 후 이어서 순서대로 염기서열을 분석하게 되는데 primer binding 되는 부분에서 ~50/60bp 정도가 peak이 정확하지 않습니다.  1kb 넘는 염기서열 분석 data를 받았어도 보장되는 정확도는 ~900bp 입니다. 뒷 부분은 peak이 정확하지 않습니다. 

네모칸은 분석 peak의 정확도 입니다. 상자의 색이 다 채워지면 정확도가 높습니다. 

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대왕개구리안재진  |  2019.08.21   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

시퀀싱에서 앞쪽과 뒷쪽이 못 읽는것보다는 정확도가 떨어지는 부분입니다.
pick overlay가 생겨 정확하게 믿을수가 없어 양쪽 끝단은 포기하는 부분입니다.

그 부분이 중요하다면 더 앞쪽이나 뒷쪽에서부터 읽어 와야할 것입니다. 또 중첩해서 읽는것도 하나의 방법이구요...

시퀀싱 의뢰 업체에 연락하시면 게런티 할수 있는 지역이 어디인지 확인을 해줄것입니다.

저 네모칸은 아마다 각 시퀀스의 픽의 형광도를 나타낸것 같네요... 보통 선형 그래프로 주는데 저 업체는 박스형태로 주네요...

관련해서는 시퀀싱 업체에 문의하시면 상세히 설명해줄것 같습니다.

Hi  |  2019.08.21    
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

DNA sequencing 분석에 ABI 3730XL 장비를 사용하고 있습니다. ABI 3730XL  capillary array lenghts 에 따라 다르기는 하나 분석회사에서는 보통 700bp ~ 900bp를 보장해주고 있습니다. sequencing 분석시 사용되는 primer가 DNA(plasmid or PCR product)에 binding 한 후 이어서 순서대로 염기서열을 분석하게 되는데 primer binding 되는 부분에서 ~50/60bp 정도가 peak이 정확하지 않습니다.  1kb 넘는 염기서열 분석 data를 받았어도 보장되는 정확도는 ~900bp 입니다. 뒷 부분은 peak이 정확하지 않습니다. 

네모칸은 분석 peak의 정확도 입니다. 상자의 색이 다 채워지면 정확도가 높습니다. 

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