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 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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질문 DNA sequencing 해석하는데 질문이 있습니다.
알jy888(과기인)  | 2019.08.21 11:28

이번에처음 DNA sequencing한 결과물이 도착했습니다.  Chromas로 해석하려는데 양끝 서열이 해석되지 않아서 찾아본 결과 양끝 서열의 일부는 그냥 무시하라는 답변만 받았습니다. 고수님들 DNA sequencing 에서 양끝 서열이 해석되지 않는 이유를 알려주시면 정말 고맙겠습니다. 

그리고upload_image

사진의 서열위의 네모칸이 무엇을 뜻하는지 알려주시면 정말 감사하겠습니다.

네모칸의 색깔이 비어있는것과 약간 채워져있는것 전부 채워져있는 것의 차이가 무엇인지도 알고싶습니다.

#sequencing
 
#시퀀싱
 
#해석
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리안재진  |  2019.08.21   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

시퀀싱에서 앞쪽과 뒷쪽이 못 읽는것보다는 정확도가 떨어지는 부분입니다.
pick overlay가 생겨 정확하게 믿을수가 없어 양쪽 끝단은 포기하는 부분입니다.

그 부분이 중요하다면 더 앞쪽이나 뒷쪽에서부터 읽어 와야할 것입니다. 또 중첩해서 읽는것도 하나의 방법이구요...

시퀀싱 의뢰 업체에 연락하시면 게런티 할수 있는 지역이 어디인지 확인을 해줄것입니다.

저 네모칸은 아마다 각 시퀀스의 픽의 형광도를 나타낸것 같네요... 보통 선형 그래프로 주는데 저 업체는 박스형태로 주네요...

관련해서는 시퀀싱 업체에 문의하시면 상세히 설명해줄것 같습니다.

Hi  |  2019.08.21    
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

DNA sequencing 분석에 ABI 3730XL 장비를 사용하고 있습니다. ABI 3730XL  capillary array lenghts 에 따라 다르기는 하나 분석회사에서는 보통 700bp ~ 900bp를 보장해주고 있습니다. sequencing 분석시 사용되는 primer가 DNA(plasmid or PCR product)에 binding 한 후 이어서 순서대로 염기서열을 분석하게 되는데 primer binding 되는 부분에서 ~50/60bp 정도가 peak이 정확하지 않습니다.  1kb 넘는 염기서열 분석 data를 받았어도 보장되는 정확도는 ~900bp 입니다. 뒷 부분은 peak이 정확하지 않습니다. 

네모칸은 분석 peak의 정확도 입니다. 상자의 색이 다 채워지면 정확도가 높습니다. 

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