제 경험상 말씀드리면
이전에 그 프라이머를 제작하신 분이 COX2 라는 유전자를 real time PCR하려고 만든 프라이머 세트가 2가지인데 그게 하나가 COX2-1이고, 다른건 COX2-2일 겁니다.
즉, COX2를 타겟하는데 프라이머가 붙는 위치만 살짝 바꿔서 만든게 COX2-1, COX2-2일 가능성이 높다는 거죠.
즉 COX2-1끼리 섞어서 반응시키거나, COX2-2끼리 섞어서 반응시키는 거죠.
만약 걱정되신다면...그 프라이머가 이미 논문화되었거나 알려져있는 것을 이용하신다면, 사용하는 미생물(박테리아, 바이러스 등등) 종과 함께 프라이머 염기서열 정보를 알려주시면 확인해드릴 수는 있습니다.
공개가 어렵다면, 구글 검색으로 쉽게 얻을 수 있는 SNAPGENE VIEWER라고 오픈소스 프로그램이 있는데, 거기다가 해당 미생물의 COX gene 서열을 가져와서 프라이머로 어디 위치에 붙는지 확인해볼 수도 있습니다.
화이팅~!
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레벨2
가즈아분자생물
(대학원생)
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19.07.24 10:32
답변 감사합니다.
확인해보니,
COX2-1right : TTG TCT GGA ACA ACT GCT CA
COX2-2right : CAT AAA GCG TTT GCG GTA CT
이렇게 염기서열일 나열되어 있던데 어떻게 해석하면 될까요?
prostaglandin-endoperoxide synthase 2 [EC:1.14.99.1] COX2
KO : K11987
Human거 유전자로 돌려보니까
COX2-1 right는 COX2 염기서열의 933-952에 붙고요.
COX2-2 right는 1352-1371에 붙네요.
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레벨2
가즈아분자생물
(대학원생)
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19.07.24 14:53
저는 COX2라는 염기서열 전체로 프라이머를 짠다고 생각 했었는데
답변을 보니,
저희가 실험에 사용하는 프라이머는 COX2 염기서열의 일부분을 프라이머로
만들어 COX2의 발현을 확인하는 것으로 해석이 됩니다.
이것이 맞나요??
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VetHJ
(비회원)
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19.07.24 15:16
안녕하세요. 제가 아는 바로는 COX는 cyclooxygenase라는 enzyme으로 arachidonic acid에서 prostaglandin이나 thromboxane등 염증 반응과 점막 재생을 포함한 다양한 체내 생리작용에 기능을 하는 물질을 만들어내는 역할을 합니다. COX에는 COX-1, 2 두 가지 아형이 있으며 약리적 특성 때문에 NSAID(Non-steroidal anti immflamatory drug)와 같은 소염제들의 타겟이 되기도 합니다.
아마 COX-1. 2 에 대한 primer가 세팅되어있고 소염, 항염 작용에 대한 연구를 하는 것이라면 cyclooxygenase를 지칭하는 것으로 보입니다.
기존의 primer는 multiplex qPCR을 실행하려고 두 쌍의 primer를 sequence에서 하나는 상대적으로 앞에, 하나는 뒤쪽에 짜신 것 같네요.
더 자세한 배경지식이 필요하시다면 Cyclooxygenase enzyme의 fuction & regulation에 대하여 논문을 찾아보시기를 권합니다.
real time pcr같은 경우는 annealing과 extension 시간을 짧게해서, 보통은 증폭 부위를 60base pair나 100bp정도처럼 짧게 합니다. 유전자 전체는 음.. 하는 경우는 아직까진 못들어봤어요.