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질문 qRT-PCR 시 대조군이 여러개일 때 질문드립니다
알adfgqw(과기인)  |  2019.07.22 22:35

지금 까지 보통 대조군 sample이 하나인 경우에 여러 실험군 sample들과 비교 하여 유전자 발현을 보았는데요

대조군 sample이 여러개인 경우에 어떻게 계산해야하는지 잘 모르겠어서요...

대조군들 간에도 발현 변화를 봐야할것같은데...

그래프도 막대그래프가 아닌 박스플랏 같은걸로 그려야하나요?

예를 들면 대조군a 대조군b  환자c 환자d 환자e 이런 경우입니다

대조군a를 기준으로 잡으면 대조군b는 어떻게 처리해야하는지 등등...

 

#qRT-PCR
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리AstV  |  2019.07.22   

qPCR결과로 Heatmap을 그리고, 거기에 hierarchical cluster analysis로 clustering해서 대조군은 대조군끼리 엮이고 환자는 환자들끼리 엮이는지 보고, 유전자끼리는 어떻게 엮이는지 봐도 좋겠네요.

qPCR and Heatmap generated from the hierarchical cluster analysis 로 구글 검색하면 expression level로 data processing하는 거 같은데, 논문들 참조하시면 될 듯 싶습니다.

 

예를들면 이런 논문에 figure부분에 heatmap처럼요. 자세히 보시면 SHAM 샘플들은 SHAM끼리, SNL샘플들은 SNL끼리 clustering되어 있네요. 

http://transpopmed.org/articles/tppm/tppm-2016-3-038.php

 

즉, a대조군이 맞다 b대조군이 맞다가 아니라,  통계처리해서 a b 대조군 대비해서 환자군들 특성이  이렇게 다르다란걸 보여주면 될거 같아요.

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