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 전체 > Molecular Biology-RNA > mRNA Analysis
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질문 qRT-PCR 시 대조군이 여러개일 때 질문드립니다
알adfgqw(과기인)  |  07.22 22:35

지금 까지 보통 대조군 sample이 하나인 경우에 여러 실험군 sample들과 비교 하여 유전자 발현을 보았는데요

대조군 sample이 여러개인 경우에 어떻게 계산해야하는지 잘 모르겠어서요...

대조군들 간에도 발현 변화를 봐야할것같은데...

그래프도 막대그래프가 아닌 박스플랏 같은걸로 그려야하나요?

예를 들면 대조군a 대조군b  환자c 환자d 환자e 이런 경우입니다

대조군a를 기준으로 잡으면 대조군b는 어떻게 처리해야하는지 등등...

 

#qRT-PCR
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.

qPCR결과로 Heatmap을 그리고, 거기에 hierarchical cluster analysis로 clustering해서 대조군은 대조군끼리 엮이고 환자는 환자들끼리 엮이는지 보고, 유전자끼리는 어떻게 엮이는지 봐도 좋겠네요.

qPCR and Heatmap generated from the hierarchical cluster analysis 로 구글 검색하면 expression level로 data processing하는 거 같은데, 논문들 참조하시면 될 듯 싶습니다.

 

예를들면 이런 논문에 figure부분에 heatmap처럼요. 자세히 보시면 SHAM 샘플들은 SHAM끼리, SNL샘플들은 SNL끼리 clustering되어 있네요. 

http://transpopmed.org/articles/tppm/tppm-2016-3-038.php

 

즉, a대조군이 맞다 b대조군이 맞다가 아니라,  통계처리해서 a b 대조군 대비해서 환자군들 특성이  이렇게 다르다란걸 보여주면 될거 같아요.

개구리AstV  |  07.22 23:36  
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