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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 gene을 찾고 primer design 관련해서 질문있습니다!!
알DNANANA(대학원생)  |  2019.07.02 12:49

안녕하세요 이제 신입생인 대학원생입니다.

제가 primer design 중에 있어서 질문이 생겨서 글을 쓰게 되었습니다. 

upload_image1. 검색을 하여보니 DNA sequence를 보려면 pubMed에서 gene에서 검색을 하여 아래로 내리면 사진과 같게 나옵니다. 동그라미 친 두 부분에서 어떠한게 올바른 sequence인지 모르겠습니다 ㅠㅠ

 

2. realtime PCR을 진행하려고 합니다. 일반 RT-PCR보다 증폭하고자 하는 DNA의 길이가 realtime이 더 짧다고 알고있는데 어떤 사이트(primer design)에서는 realtime PCR primer라고 되어있고 괄호에 taqman이라고 되어있는데 SYBR green을 써도 상관이 없는 서열인 것인가요??

 

3. 또한 primer가 3군데 부분에서 짜졌는데 총 서열중에 가운데 위치한게 좋은가요 끝에 있어도 상관 없는것인가요??upload_image

이런식인데 업체에 그냥 이중에 한개 골라서 보내면 되는건가요~?

너무 궁금한게 많아서 물어보게 되었습니다 ㅠㅠ 답변 주시면 감사하겠습니다!!

#PCR
 
#DNA
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
꽃개구리느림보  |  2019.07.02   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

1. 처음 찾은 reference sequence (RefSeq) NM_004958가 맞습니다. 

밑에 붙은 CCDS는 상동유전자들의 공통 서열 (consensus)입니다. 그 유전자 하나하나와는 서열이 약간 다를 수 있습니다. 

2. Taqman 프라이머를 SYBR에 사용할 수 있습니다. 그렇지만 SYBR 전용으로 실험을 계획 중이라면, SYBR용으로 디자인하는 것이 좋을 겁니다. 그냥 간다면, 세번째 올리고는 Taqman 탐침용이기 때문에 위의 forward와 reverse만 주문하면 됩니다. 

3. RT-PCR에서 프라이머의 위치는 대게 cDNA 합성 원리에 따라서 3' 말단쪽으로 위치시키는 것이 좋습니다. 그렇지만 다른 것과 다른 해당 유전자의 특이적인 서열이 어디에 있는지, PCR이 잘되는 곳인지, 오염된 genomic DNA 증폭 가능성을 줄이기 위한 intron/exon 구조가 어디인지에 따라 종합적으로 판단해서 선택하면 더 좋습니다. 

그리고, 마지막으로 주문하기 전에, 선택한 프라이머가 unique하게 잘 붙는지 primer blast 같은 방법으로 확인하는 것이 안전합니다. 

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