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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 PCR primer dimer 형성 관련 질문드립니다.
올챙이야생의잉어킹(대학원생)  |  2019.06.28 15:33

안녕하세요! PCR 결과 관련해서 질문 드립니다.

 

miRNA RT-qPCR을 하고 나서 gel을 내려보는데,

지속적으로 target gene band 대신 더 짧은 위치에서 엑스트라 밴드를 얻고 있습니다. target gene band는 100 mer 정도 위치에서 나오는데 이 band는 50 mer 근방에서 뜨고 있어요.

qPCR Ct 값이 높은 샘플일수록 점점 50 mer 밴드가 진해지는 것으로 보아 아마 primer dimer인 것으로 추정이 됩니다.

 

원인을 찾던 중 positive control은 항상 흔들리지 않는 것으로 봐서 일단 template 내 target gene 농도가 낮은 것이 원인으로 생각이 되는데, template에 PCR inhibitor가 포함이 되어 있을 가능성이 생겼습니다. 어떤 종류의 inhibitor인지는 확실하진 않습니다.

그런데 template에 inhibitor가 들어있을 때 이렇게 primer dimer가 증폭이 되기도 하나요...? 찾아보니 primer dimer에 의해 컨탬되었을 때 그럴 수 있다고만 뜨는데, 일반적으로 inhibitor에 의한 컨탬이 있을 때에도 비슷한 일이 벌어질 수 있는지 궁금합니다.

혹은 모종의 이유로 RNA가 degradation이 된 것인지...

 

경험해보신 분들의 의견 기다립니다. 감사합니다.

#RT-qPCR
 
#전기영동
 
#PCR inhibitor
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