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NCBI Refseq 중에서 16S rrna db가 따로 분류되어 있을 겁니다.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/targetedloci/16S_process/
저기서 해당 범위의 organism을 선택하고
Send to file로 저장하면 될것 같네요.
잘 안되면 ftp호 들어가서 refseq 하위 디렉터리를 뒤져 보세요.