[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 실험
실험복 제공
스폰서배너광고 안내  배너1
전체보기 안전점검 논문교환 LABox
 전체 > Molecular Biology-RNA > mRNA Analysis
조회 543  스크랩 인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
질문 RNAseq (Whole transcriptome analysis) 발현 비교분석 할때,
알mdmgnoh(과기인)  |  2019.06.12 17:06

안녕하세요? 저는 종양조직에서 RNA-seq (Whole transcriptome analysis) 공부하던 중 한가지 여쭤보고 싶어서 올립니다.

[약물 반응군환자] vs [약물 비반응군환자] 군에서 FPKM 값으로 유전자 A,B 발현을 log2(FPKM+1) 값을 가지고 비교하는 중,

  1. A-B (빼기), A/B(나누기) 와 같이 [상대적값]도 어떤 [지표]로써 통계적 의미를 가지고 사용할 수 있을까요?
  2. 만약, 가능하다면, DESEQ 과 같이 normalization된 count로 비교해야만 할까요? FPKM이나 TPM의 절대값으로 비교는 의미가 있을까요?
  3. 로그변환을 거친, log2(FPKM+1) 값으로 서로 빼거나, 나눈 값도 통계적의미를 가질 수 있을까요?

감사합니다.

#RNA-seq
 
#FPKM
 
#differential exression gene
답변하기
답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
꽃개구리느림보  |  2019.06.17   
Count나 FPKM 값은 Log 변환을 해야 정규분포가 됩니다. 비교 검정은 Log변환 FPKM으로 하면 됩니다. 정규성 검정을 미리 해보고 판단하세요. 쉽게 이해 될 겁니다.
답변하기
할인행사 광고 검색광고
필코리아테크놀로지 필코리아테크놀로지
Synthego CRISPR-Cas9, sgRNA을 경제적으로 구매하는 방법 (2.29까지)
코람바이오텍 코람바이오텍
[Cell Signaling Technology] 2020년 새해 맞이 할인 이벤트 (3.31까지)
에펜도르프코리아 에펜도르프코리아
Eppendorf New 25mL Conical Tubes : 혁신적인 디자인과 다양하고 편리한 사용 (4.1까지)
프리미엄 등록안내
외부제휴사 광고 AD
e브릭몰
βeta
1/6  좌우
199,100189,000
272,300259,000
404,600384,000
625,100594,000
522,300496,000
603,600573,000
119,600114,000
121,100115,000
316,000300,000
71,30068,000
140,100133,000
691,800657,000
102,30097,000
90,60086,000
158,400150,000
374,800356,000
147,600140,000
239,800228,000
92,80088,000
867,100824,000
79,70076,000
153,000145,000
242,000230,000
225,200214,000
최근등록   더보기 >
아드레날린 수용액으로 제조방법(MSDS는 있으나)이 궁금합니다~   02.18
caco-2 cell subculture   02.18
상한 조직에서 gDNA 추출법...   02.18
embiel HDL test kit 설명을 보면   02.18
Phenol chloroform precipitation 어떻게 하는 건가요?   02.18
고온균 고체배지   02.18
농도를 양으로 환산하고 싶습니다.   02.18
SMEM에 대하여 질문드리고 싶습니다.   02.18
Hemolysis Assay   02.18
apoptosis 여부 확인 DNA fragmentation   02.18
오스테오시스
ZEUS
위로가기
실험 홈  |  실험FAQ  |  실험 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
에펜도르프코리아