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 전체 > Molecular Biology-RNA > mRNA Analysis
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질문 RNAseq (Whole transcriptome analysis) 발현 비교분석 할때,
알mdmgnoh(과기인)  | 2019.06.12 17:06

안녕하세요? 저는 종양조직에서 RNA-seq (Whole transcriptome analysis) 공부하던 중 한가지 여쭤보고 싶어서 올립니다.

[약물 반응군환자] vs [약물 비반응군환자] 군에서 FPKM 값으로 유전자 A,B 발현을 log2(FPKM+1) 값을 가지고 비교하는 중,

  1. A-B (빼기), A/B(나누기) 와 같이 [상대적값]도 어떤 [지표]로써 통계적 의미를 가지고 사용할 수 있을까요?
  2. 만약, 가능하다면, DESEQ 과 같이 normalization된 count로 비교해야만 할까요? FPKM이나 TPM의 절대값으로 비교는 의미가 있을까요?
  3. 로그변환을 거친, log2(FPKM+1) 값으로 서로 빼거나, 나눈 값도 통계적의미를 가질 수 있을까요?

감사합니다.

#RNA-seq
 
#FPKM
 
#differential exression gene
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
꽃개구리느림보  |  2019.06.17   
Count나 FPKM 값은 Log 변환을 해야 정규분포가 됩니다. 비교 검정은 Log변환 FPKM으로 하면 됩니다. 정규성 검정을 미리 해보고 판단하세요. 쉽게 이해 될 겁니다.
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