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circular plasmid DNA 겔 로딩시 크기
레벨4 졸업은언제하나 (대학원생)
안녕하세요.
이번에 클로닝에 들어가는 DNA가 있습니다.
Genscript에 의뢰해서 pUC57 vector에 합성해서 받았는데요...
합성한 DNA를 DH5a 컴셀에 transformation 후 콜로니따서 DNA prep을 진행했는데, 두 가지 문의점이 있습니다.
(컴셀은 RBC HIT DH5a 컴셀입니다)
1.
Serial clonal 프로그램으로 계산해보니까
전체 plsmid가 약 2554bp정도 되는데, 1% 아가로즈 전기영동하니까 3~4 kb 사이에 나오더라구요.
(insert DNA가 없는 pUC57은 2710 bp입니다)
사진에서 1~4번이 4개의 콜로니를 딴 것, L이 레더입니다.
(사진의 레더는 아래부터 500 bp, 1 kb, 2 kb, 3 kb, 4 kb 순입니다.)
찾아보니까 closed circular plasmid DNA의 경우 supercoiled 형태때문에 본래의 크기보다 더 많이 (빨리) 로딩되는 경우가 대부분이며, nick (2가당 중 1가닥이 잘린) 형태일 때 본래의 크기보다 크게 (더 느리게) 로딩되는 경우가 대부분이라는데..
제가 합성받은 plasmid은 왜 때문에 2554 bp인데도 불구하고 2~3번 콜로니의 DNA가 3~4 kb 근처에서 확인이 되는 걸까요?ㅠ_ㅠ
2.
transformation 후 4개 콜로니를 따서 prep한 것인데..
사진에서 왜 1번 콜로니 DNA만 더 아래로 이동한 것일까요..ㅜ_ㅜ
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