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이 계통수 데이터를 어떻게 해석해야 할까요? |
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 ㅁㅁㅈㅈ(과기인) | 2019.05.21 21:30 |
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안녕하십니까 신종 균주 실험중인 석사과정 학생입니다.
Ez taxon을 이용해서 유사균주를 찾아 계통수를 그리려던 과정에서 기존 Eztaxon에서 정렬해준 방식이 아니라 similarity가 높은 순으로 정렬해보았더니 맨앞에 98.6%의 유사도를 가진 균주가 있다는것을 보고 당황했습니다.
그래서 여기 표시된 균주들의 16s rRNA로 계통수를 그려보니 결과는 보시다시피 근연관계가 상당히 먼것으로 표시됩니다.
이 두 데이터가 이렇게 다른 결과를 보여주는 이유가 무엇인지 궁금합니다.
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본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다. |
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 강시 | 2019.05.21
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어떤 유전자 염기서열을 사용하셨는지는 모르겠으나,
사용한 유전자에 따라서 계통수는 조금씩 다르게 표시됩니다.
그것은 유전자의 염기가 얼마나 변했는지(또는 보존되었는지)를 따지기 때문입니다. 물론, 어떤 위치의 염기는 변이가 심하고 어떤 위치의 염기는 그렇지 않을 수 있으므로 모든 염기의 변이가 모두 같은 값을 가지지는 않기 때문에 몇%의 염기 상동성이 근연관계의 가까움과 정비례하지는 않습니다.
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ㅁㅁㅈㅈ | 2019.05.22
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 느림보 | 2019.05.23
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그게 계통수 분석이죠.
Similarity는 변이 진화의 연속적인 과정이 아니라 양적인 지표로 생각할 수 있습니다. 계통수도 여러가지지만 기본적으로 보전된 공통변이를 묶어가는 개념이기 깨문에 양적으로 상당히 비슷한 서열도 다른 변이계통으로 나오는 경우가 있습니다.
위 그림에서는 위쪽 사지와 밑의 가지의 변이계통이 다른 것으로 해석할 수 있습니다. 염기서열 정렬파일에서 parsimony informative site 들을 찾아보면 확실히 이해되실 거예요. |
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