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질문 이 계통수 데이터를 어떻게 해석해야 할까요?
올챙이ㅁㅁㅈㅈ(과기인)  |  05.21 21:30

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안녕하십니까 신종 균주 실험중인 석사과정 학생입니다.

Ez taxon을 이용해서 유사균주를 찾아 계통수를 그리려던 과정에서 기존 Eztaxon에서 정렬해준 방식이 아니라 similarity가 높은 순으로 정렬해보았더니 맨앞에 98.6%의 유사도를 가진 균주가 있다는것을 보고 당황했습니다.

그래서 여기 표시된 균주들의 16s rRNA로 계통수를 그려보니 결과는 보시다시피 근연관계가 상당히 먼것으로 표시됩니다.

이 두 데이터가 이렇게 다른 결과를 보여주는 이유가 무엇인지 궁금합니다.

#계통수
 
#16s rRNA
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.

어떤 유전자 염기서열을 사용하셨는지는 모르겠으나,

사용한 유전자에 따라서 계통수는 조금씩 다르게 표시됩니다.

그것은 유전자의 염기가 얼마나 변했는지(또는 보존되었는지)를 따지기 때문입니다. 물론, 어떤 위치의 염기는 변이가 심하고 어떤 위치의 염기는 그렇지 않을 수 있으므로 모든 염기의 변이가 모두 같은 값을 가지지는 않기 때문에 몇%의 염기 상동성이 근연관계의 가까움과 정비례하지는 않습니다.

대왕개구리강시  |  05.21 22:01  

16s rRNA서열들을 비교한겁니다.

올챙이ㅁㅁㅈㅈ  |  05.22 10:20  
그게 계통수 분석이죠.
Similarity는 변이 진화의 연속적인 과정이 아니라 양적인 지표로 생각할 수 있습니다. 계통수도 여러가지지만 기본적으로 보전된 공통변이를 묶어가는 개념이기 깨문에 양적으로 상당히 비슷한 서열도 다른 변이계통으로 나오는 경우가 있습니다.
위 그림에서는 위쪽 사지와 밑의 가지의 변이계통이 다른 것으로 해석할 수 있습니다. 염기서열 정렬파일에서 parsimony informative site 들을 찾아보면 확실히 이해되실 거예요.
꽃개구리느림보  |  05.23 10:35  
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