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 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
조회 473  스크랩 인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
질문 16s rRNA full sequencing 과정에서 27f sequencing에 문제가 있어서 문의 올립니다.
꽃개구리Applied_Microbe(과기인)  |  05.16 15:41

Bacteria의 GC %는 50~60% 정도로 알려져 있습니다.

10% Chelex 100 TE buffer를 이용해서 boiling DNA extraction 하여 27f, 1492r, 518r, 1100f로 16s rRNA sequencing을 진행하였는데.... 27f 는 판독이 불가능할 정도로 엉망으로 나왔고, 518r 의 경우 27f쪽 70bp가량이 mix로 나타났습니다. 그래서 907r과 926r을 이용해서 sequencing을 진행했는데.... 518r과 동일한 위치에서 mix형태가 나는 것을 확인했습니다.

27f 

upload_image

907r, 926r, 518r

upload_image

27f의 약 70bp 정도를 읽을 수 없는 상황인데... 해결책이 있을까요? 아래의 적색 박스로 표시한 염기서열을 읽을수가 없어서 우선 표준균주의 염기서열로 대체해 놓긴 했습니다만... 염기서열 분석업체에서는 구조적인 문제인지 확인해야하는 상황이고 구조적인 문제라면 답이 없다는 식으로 이야기를 하네요...

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upload_image

#16s rRNA
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.

오염이 의심 됩니다만.....

흠.  |  05.16 16:58   

미생물은 순수분리 된것으로 판단되는데... 어떤 오염을 이야기 하시는것인지 답변좀 부탁드립니다.

꽃개구리Applied_Microbe  |  05.17 11:35  
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