실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > Sequencing
16s rRNA full sequencing 과정에서 27f sequencing에 문제가 있어서 문의 올립니다.
레벨6 Applied_Microbe (과기인)
Bacteria의 GC %는 50~60% 정도로 알려져 있습니다.
10% Chelex 100 TE buffer를 이용해서 boiling DNA extraction 하여 27f, 1492r, 518r, 1100f로 16s rRNA sequencing을 진행하였는데.... 27f 는 판독이 불가능할 정도로 엉망으로 나왔고, 518r 의 경우 27f쪽 70bp가량이 mix로 나타났습니다. 그래서 907r과 926r을 이용해서 sequencing을 진행했는데.... 518r과 동일한 위치에서 mix형태가 나는 것을 확인했습니다.
27f
907r, 926r, 518r
27f의 약 70bp 정도를 읽을 수 없는 상황인데... 해결책이 있을까요? 아래의 적색 박스로 표시한 염기서열을 읽을수가 없어서 우선 표준균주의 염기서열로 대체해 놓긴 했습니다만... 염기서열 분석업체에서는 구조적인 문제인지 확인해야하는 상황이고 구조적인 문제라면 답이 없다는 식으로 이야기를 하네요...
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