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 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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질문 16s rRNA full sequencing 과정에서 27f sequencing에 문제가 있어서 문의 올립니다.
꽃개구리Applied_Microbe(과기인)  |  05.16 15:41

Bacteria의 GC %는 50~60% 정도로 알려져 있습니다.

10% Chelex 100 TE buffer를 이용해서 boiling DNA extraction 하여 27f, 1492r, 518r, 1100f로 16s rRNA sequencing을 진행하였는데.... 27f 는 판독이 불가능할 정도로 엉망으로 나왔고, 518r 의 경우 27f쪽 70bp가량이 mix로 나타났습니다. 그래서 907r과 926r을 이용해서 sequencing을 진행했는데.... 518r과 동일한 위치에서 mix형태가 나는 것을 확인했습니다.

27f 

upload_image

907r, 926r, 518r

upload_image

27f의 약 70bp 정도를 읽을 수 없는 상황인데... 해결책이 있을까요? 아래의 적색 박스로 표시한 염기서열을 읽을수가 없어서 우선 표준균주의 염기서열로 대체해 놓긴 했습니다만... 염기서열 분석업체에서는 구조적인 문제인지 확인해야하는 상황이고 구조적인 문제라면 답이 없다는 식으로 이야기를 하네요...

회원님들의 고견을 기다립니다.

upload_image

#16s rRNA
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.

오염이 의심 됩니다만.....

흠.  |  05.16 16:58   

미생물은 순수분리 된것으로 판단되는데... 어떤 오염을 이야기 하시는것인지 답변좀 부탁드립니다.

꽃개구리Applied_Microbe  |  05.17 11:35  
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