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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 qRT-PCR primer 관련 질문입니다
알실험해보까(대학원생)  |  05.07 15:50

 

 

안녕하세요

 

제가 지금 소장세포에서 RNA extraction후 

qRT_PCR을 이용하여 cytokine level을 확인하고자 계획을 세운상태인데,

qRT-PCR primer를 찾던 와중에 혼란스러운 점이 있어 질문합니다

 

 

1. murine (mouse) primer는 마우스간의 계통 상관없이 통용적으로 사용가능한가요?

예를들어, 제가 준비한 샘플은 C57BL/6  마우스인데 제가 찾은 논문은 DBA/1J mouse 샘플을 이용한 qRT-PCR 결과입니다. 논문의 레퍼런스 primer set를 b6 mouse의 샘플에 사용가능한가요?

 

2. murine primer 중에서도 논문마다 사용한 sequence가 다른데 이런경우는 보통 어떻게 primer를 선택하는것이 좋을까요?

지금 다양한 논문을 통해서 primer 정보를 모으고있는데 sequence가 다른 primer들이 존재하여 어떤 primer set을 정하는게 좋은지 고민중이에요 ㅠㅠ

 

 

 

답변기다리겠습니다

감사합니다 :)

#qRT-PCR
 
#primer
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.

1. 같은 종까지는 일반적으로 동일 primer로 됩니다.

2. primer는 실험자가 직접짜기도 또는 외부 ref를 참조하기도 합니다. 저는 판매목적으로 나온 primer의 시퀀스를 구할수 있다면 이것을 참조하는편입니다. 물론 외부 ref에서 나온 시퀀스도 직접 확인은 진행합니다.

금개구리안재진  |  05.07 19:49  

1.은 패스.

2. 스피시픽한지 아닌지 검증해보아 잘 들으면, 그 시퀀스를 가진 프라이머를 사용하면 되겠죠. 프라이머를 어떻게 결정하는지 알아요? 두가지 방법이 있어요.

첫째, 보스가 허락하면, 남이 만들어 놓은 것을 사다 쓴다. (장점-쉽다. 단점-비싸고 잘 안들어도 하소연할 수 없다)

둘째, 프라이머쓰리 언라인이 서제스트하는 시퀀스를 가지고 인비트로진에 오다를 내어 만들어 쓴다. (장점-싸다. 단점-조금 과정이 많다)

예. 일번. 아래로 가서 마우스 혹은 랫 혹은 사람 시퀀스를 찾는다 (엑손리즌)

useast.ensembl.org

이번. 구글로 간다. 프라이머 쓰리 언라인 검색. 프라이머 쓰리 언라인에 해당 시퀀스를 패이스트하고 이것이 서제스트해주는 프라이머를 "포워드"와 "백워드" 혹은 "레프트(좌)" 혹은 "라이트 (우)" 프라이머로 지정한 후 인비트로진에 오다를 내린다.

세째. 인비트로진에서 보내준 올리고를 리칸스티튜트한후 1:10 다이룰션을 준비해두고 알티피씨알할 때 사용한다.

네째. 아가로즈 젤로 검증해 본다. 밴드가 예상 사이즈에 하나 정확히 뜨면, 내가(혹은 프라이머쓰리언라인이) 디자인한 프라이머는 쓸만하다고 결론. 계속 쓴다.

다섯째. 의심이가면, 같은 프라이머를 비싼 돈 주고 사와서 같은 샘플로 검증해 본다. 대개 두 프라이머 다 잘 작동하는 것이 상례.

 

올챙이BU  |  05.09 02:20  
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