실험 Q&A > Bioinformatics
Local BLAST 질문 드립니다.
레벨5 유전학도^^v (과기인)
제가 연구하는 plant species의 draft sequence가 있습니다.
해당 팀에서 genome과 transcriptome 분석을 동시에 했습니다.
Scaffold가 약 42,000개 정도 있고, annotation이 된건지, nucleotide와 protein sequence에 대한 fasta 파일을 다운로드 받을 수 있습니다. 물론 특정 유전자가 아닌 scaffold에 대한 것입니다.
이 fasta 파일을 reference로 하여, 제가 align하고자 하는 다른 종의 유전자의 homolog를 찾으려고 합니다.
NCBI BLAST를 사용해 봤는데, 계속 29, 30번 에러 메세지가 뜨길래, 찾아보니 reference sequence file이 업로드 되지 않은 경우에 뜨는 메세지라고 누군가 얘기하더군요.
그래서 가능하다고 하면 제 컴퓨터 (PC, MS windows)에서 local로 BLAST를 하고 싶습니다.
실험실에 DNASTAR라는 소프트웨어가 있어 사용가능한 모듈을 실행시켰더니 i7에서도 제대로 작동하지 않습니다.
Bioinformatics에 대한 지식이 없어 최대한 간단한 방법 부탁 드립니다
감사합니다.
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