실험 Q&A Mol. Biol.-RNA > mRNA Analysis
real-time PCR실험과 RT-PCR에 대해서 질문합니다.
레벨1 하핳 (대학원생)
안녕하세요.
석사과정중인 학생입니다. 실험을 하다가 계속해서 같은 문제가 반복 되는데 도저히 제 수준에서는 답을 찾을 수 없어 도움을 받고자 글을 올립니다.
세포에서 total RNA를 추출하고 cDNA를 합성하여 RT-PCR을 해서 전기영동으로 gene의 발현양을 확인하였습니다.
원하는 패턴이 확인되어 같은 cDNA로 real-time PCR로 confirm실험을 진행하였으나 RT-PCR과는 다르게 모든 sample의 Ct값이 소수점 자리정도의 차이만 있지 거의 비슷합니다.
RNA의 purity에도 문제가 없었고, real-time과정에서 melting curve도 one peak로 나왔고, triple로 진행한 sample의 variation도 크지 않은데 어떤 부분에 문제가 있는 건지 아무리 찾아보고 같은 실험실에 계신 선생님들께 여쭈어 보아도 답을 알 수 가 없네요...
질문을 요약하자면 RT-PCR과 real-time PCR의 결과가 다르게 나오는 경우 원인에는 어떤 것들이 있을 수 있는지,
그게 아니면 real-time PCR시 sample간의 Ct값이 다 비슷한 경우 gene발현 양이 실제로 차이가 없다는 것 외에 다른 이유가 있을 수 있는지 알고싶습니다.
비슷한 경험이 있으시거나 짐작되는 원인이 있으시면 어떤 것이든 댓글 부탁드립니다.
귀한시간내어서 읽어주셔서 감사합니다.
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