실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
oligo dT와 random primer
레벨1 biochobo (대학원생)
안녕하세요. 학부생으로 이것저것 실험해보고 연구자를 내 평생직업으로 삼겠다 꿈꾸는 이제 막 대학원생이 된 신입입니다. 하지만 꿈의 크기에 비해 저는 아직 많이 부족한 것을 느끼고 있습니다.
저희 실험실은 cytokine쪽 하고 있는데요, 데이터 스크리닝 등등 많은 것을 qPCR에 의존하고 있습니다. PCR원리나 real time PCR원리는 대강 알고 있다고 자신만만했는데 아무것도 모르고 기계적으로 실험만 했던 바보라는 것을 이제 깨닫게 되어 다시 처음부터 공부하고 있습니다. 모르는게 많아 이것저것 찾아보고는 있지만,, 문서랑 경험자의 조언은 많이 다르더라구요..
RT-PCR할 때 primer로 oligo dT와 random 6mer를 둘다 사용하고 있습니다. 별다른 이유도 모른채요..ㅠ 제 사수 분께서 학부시절에 RT부탁하실때 두개 다 쓰라고 하셔서 그냥 했는데 지금은 공부하면서 이해가 잘 가지 않아서요..
cDNA를 가지고 qPCR을 하게 되면 결국 gene expression 차이를 보려고 하는것이고 결국 mRNA의 차이를 보기 위한 것인데 그러면 oligo dT만 사용하는 것이 맞는게 아닌가요? 왜냐하면 random 6mer를 사용하면 rRNA등등 다른 RNA도 다 cDNA로 역전사 되는 것이 아닌지 의문이 들고.. 무작위 서열을 가지고 있다면 역전사 되는 정도도 다 무작위 수가 아닌지..불명확하게 느껴지는 primer를 왜 사용하는지 이해가 가지 않습니다..
그리고 이전 사수분이 왜 두가지 primer를 같이 사용하였는지도 이해가 가지 않습니다... 물어보니 왜 그런지 공부해보라 하시는데..protocol같은것을 찾아보아도 이유는 써있지 않고.. 둘중 하나를 상황에 따라 알맞게 선택하라는 것 밖에 없습니다..ㅜㅜ
primer라는 단어가 머리에서 떠나질 않아여,,,제 부족한 지식을 선배님들, 선생님들께서 조금만 채워주시면 감사하겠습니다.
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