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계통을 묶어가는 과정에 따라서 여러 모양이 나올 수 있습니다. 그래서 거리행렬을 구하는 방법이나 그룹핑 방법이 여러가지가 있는 것이구요. 특히 묶어가는 순서에 따라서 모양이 달라질 수 있습니다. 그것을 무작위로 여러번 반복해서 같은 모양이 나오는 지를 확인하는 resampling 과정이 있는 것인데요, 대표적으로 bootstrapping, 1000회 정도를 수행하게 됩니다. 대개 가지가 나뉘는 곳의 어깨에 동일한 모양이 나오는 %를 표시하게 됩니다. 이것을 support value라고 합니다.
MEGA에서는 Test of phylogeny에서 bootstrapping을 선택하고, 반복을 1000회로 하면 일반적인 방법이 됩니다.
Phylogenetic Trees Made Easy (Barry G. Hall) 참조하시면 MEGA를 이용해서 트리를 그리는 기본적인 방법을 배우기 좋습니다.