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질문 Genotyping. band가 뜨질 않습니다.
알chaeyeonim(과기인)  |  2019.04.01 17:20

STAT1 KO mouse를 사용하여 실험을 진행을 합니다.

저희가 직접 길러서 새끼가 태어나면 그 새끼가 4주령이 되었을 때, 꼬리를 잘라 genotyping을 하는데 요새들어서 갑자기 band가 뜨질 않습니다.

 

이렇게 genotyping을 한지는 1년이 넘어가는데요.

지난 6,7개월동안은 band가 안뜨는 쥐가 2,3마리 정도는 있었습니다.

요새 들어서 계속 band가 뜨질 않습니다.

 

PCR기계도 고쳤고, 전기영동기계의 문제인가싶다가도 기계가 고장났으면 다 band가 안떠야할 것이라 예상되는데 몇 마리는 뜹니다.

심지어 band가 안떠서 2차로 다시 꼬리를 잘라 genotyping을 하면 안뜨던 mouse가 band가 뜨는 경우도 있습니다.

 

PCR의 DNA증폭을 위한 complex는 전문가에게 받은 protocol을 이용하여 상용하고 있습니다.

대부분의 mouse의 세대는 적으면 3세대 많으면 6세대까지 있습니다.

 

#genotyping
 
#gene band
 
#PCR
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
올챙이BU  |  2019.04.02   

지난 1년간 프라이머를 어떻게 관리해 왔고, 지금 쓰는 프라이머는 얼마나 얼렸다 녹였다는 반복해 왔나요?

 

새로 주문한 신선한 프라이머를 알로퀏으로 얼려 놓은 후, 신선한 프라이머로 피씨 알을 해보았습니까? 디엔에이 템플릿 중에 "믿을만한 포지티브 밴드"를 보여줄 디엔에이를 알고 있나요? 있다면, 확보해 두었나요?

 

되다 안되는데, 시간이 오래 지났다면, 상할 수 있는 것은

1) 피씨알 리에이전트

2) 프라이머

3) 님의 가시화 리에이전트 (이씨디옴 브로마이드 혹은 유사한 것)

4) 템플릿 디엔에이 (꼬리에서 채취하여 보관 중인) 일 것입니다.

알chaeyeonim  |  2019.04.02   

저희가 STAT1에 대한 유전자를 봐야하기 때문에

stock를 사서, 희석을 하고 그것을 냉동해서 사용하고 있습니다.

 

관리에 대한 것은 저희가 직접 complex에 포함되는 항목들을 관리를 하지 않습니다. 저희 실험실은 꼬리를 잘라서 isopropanol단계부터 TE까지의 과정만 하고, PCR를 돌리고 Primer를 제공받는 곳은 다른 실험실이라서 정확히 알 수가없네요.

 

좋은 답변 감사합니다.

올챙이BU  |  2019.04.02   

That is a non-sense: "... isopropanol단계부터 TE까지의 과정만 하고, PCR를 돌리고 Primer를 제공받는 곳은 다른 실험실이라서 정확히 알 수가없네요...."

 

Your genotyping process includes a black-box, controlled by others. You should be able to have a full control of your genotyping.

 

Do the genotyping from A to Z by yourself. Do not depend on others!!!

알chaeyeonim  |  2019.04.02   

다른 실험실에 의존하는 것은 아니고, 분야가 다른 그 실험실과 공동 연구를 하기 때문에

각자 갖추어진 실험기기나 물품이 달라서 그렇게 하는 것 뿐입니다.

저희가 mouse와 isopropanol이나 TE는 갖출 수 있지만 Primer같은 것까진 갖추기엔 어려움이 있고, 그 실험실은 mouse를 갖추기 어렵기때문에 이런 환경이 만들어진것입니다.

BU  |  2019.04.02    

그런 환경을 비난하는게 아니고, 님에게 장기적으로 유리한 경우를 말씀드린 것입니다. 같이 시간을 투자하는데, 길게 봐서 유리한 것이 좋은 것 아닐까요?

 

지노타이핑은 시간이 많이드는 일이고 공이 많이 들여지지만, 

 

1) 되면 당연한 것

2) 안되면 역적....인 일입니다. 별론 크레딧을 받지 못해요. 당연히 되어야 한다고들 생각하기 때문에.

 

문제를 완전히 해결하고 나서는, 일을 나누어 하는 것이 큰 무리가 없겠지만, 일을 쪼개서 하는데 문제가 생기면, 누구 문제를 일으켰는지 찾아내는 게 우선. 잘 찾기를 바랍니다.

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