실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
짧은 DNA fragment qPCR
레벨2 야생의잉어킹 (대학원생)
안녕하세요! 오늘도 하시는 일 모두 잘 되시길 바랍니다.
제목대로 짧은 DNA를 qPCR하게 되었습니다.
DNA가 일련의 과정을 거친 후에 남은 양을 정량하는 실험이라, 굳이 짧은 DNA PCR 대신 많이 추천해주시는 합성은 제 경우 유효한 선택지가 아닙니다.
실험 목적에 가장 맞는건 20mer 정도인데(fragment 길이가 중요해서요), 이 정도 길이는 primer 길이와 맞먹으니 뭘 해도 제대로 안 될 것 같기는 합니다.
그래서 PCR이 잘 되면서 최대한 짧은 DNA sequence를 찾고 있습니다.
질문은 아래 정리하겠습니다.
1) 경험상 어느 정도가 qPCR의 최소 template 길이셨는지요...?
참고로 기기 문제상 Taq은 못쓰고 SYBR 방식으로밖에 정량이 안 됩니다.
2) 100 bp 정도 되면 그래도 괜찮을 것 같아서, GAPDH fragment같이 많이 알려진 한 100bp 초반 되는 것들로 일단 알아보고 있습니다.
그런데 저희가 갖고있는 stock이 아무 것도 없고(생물실험실이 아닙니다ㅠ) PCR을 워낙 해오던 방도 아니고 그래서 일단 template은 합성된 DNA를 사용하는게 나을 것 같습니다.
100~150mer 정도 되는 DNA 합성 잘 해주는 곳이 어디 있는지, 또는 합성 외에 얻을 수 있는 방법이 있는지 궁금합니다.
바이오니아도 여기 게시판에서 추천받아서 알아보고 있는데, 아무래도 100머 넘어가면 가격이 많이 올라가는 것 같네요ㅠ
미리 감사드립니다!
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