실험 Q&A Mol. Biol.-RNA > etc.
RNA의 손상 여부 확인 부탁드릴게요...
레벨1 우리가 정의 (대학원생)
기존에 저희 실험실에서 발현이 확인된 실험인데, 제 손에서 재현이 안됩니다...
제가 다시 실험을 진행하고 있는데 기존 결과처럼 재현이 안되어서 (기존 결과가 잘못되었을 가능성은 적습니다. 동료의 PCR 결과 및 과거 WB결과에서 동일한 결과를 보여주었습니다),
PCR 발현--> cDNA--> RNA 순으로 거슬러 올라가서 원인을 파악하고 있습니다.
PCR 발현과 관련된 trouble shooting도 여러개 진행하였으나 원인을 찾지 못하였고, cDNA 문제인가 싶어서 같은 RNA 샘플에서 새로 cDNA 합성하여서 실험 진행했는데도 계속 동일하게 잘못된 결과를 얻었습니다.
그래서 마지막으로 RNA의 문제인가 싶어서 RNA 전기영동을 해봤는데, 결과가 애매? 이상한거 같아서 문의드리려고 합니다.
전기영동 조건을 말씀드리면, band만 확인할 거라 1% Agarose gel (1g agarose+ 1X TAE buffer 100ml+ DNA gel staining dye 10ul) 사용하였으며 100V에서 20분 내렸습니다.
현재 문제있는 sample 3개와 기존 다른실험에서 사용하였던 RNA sample 2개를 positive control로 하여 총 5개 군으로 확인해보았는데,
band가 영 이상하게 나온거 같아서 확인부탁드리겠습니다.
전기영동을 내리기 위한 sample 조성은 RNA 2ul+ 6X gel loading dye 1ul+ DW 3ul= 총 6ul로 만들어서 각 well에 6ul 모두 걸어주었습니다.
ladder는 1kb DNA ladder 사용했습니다.
(인터넷을 찾아보니 28S는 5kb에서, 18S는 1.9kb에서 확인가능하다고 합니다)
결과는 A,B에서 band가 뜨지 않았고, C에서는 28S band는 희미하게 발현?,
18S band는 2kb 언저리에 발현, 1kb 위치에서도 band가 발현되었는데
결과해석을 어떻게 해야할까요? 지금 저 결과로는 해석하기가 부족한가요??
혹시 과정중에 잘못된 점이 있는지에 대해서도 고견 부탁드리겠습니다.
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