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 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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질문 시퀀싱 primer의 초기부분 안정성....
뒷다리미세먼지1호(일반인)  |  02.12 00:40
시퀀싱보낼때 primer 자리 다음에오는 약 200bp는 안정하지못하다고 들었는데... 그말은 AT GC페어를 정확히 하지 못한다는 말인가요?? 예를들어 A라는 베이스에대해서 primer로 신장해나가는 베이스가 T가아닌 G나 C를 불러올수 있다는 말인가요? 정확하지 않다는게 어떤 현상을 말하는건가요?

그리고 어떻게해서 초기의 약 200bp부분까진 불안정하다고 하는건가요? 왜 200까진 불안정하고 그 이루부터 안정화된다고 할수있는건가요?
#.
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
첨부파일 파일첨부: troubleshooting (sequencing).pdf (1,154 KB)

sequencer의 column 오염이나  세척 용매의 잔류, primer의 극소수 mismatching 등의 다양한 원인이 있다고 합니다... 첨부자료도 한번 확인해보세요

꽃개구리Applied_Microbe  |  02.12 14:05  

자세한 이유는 모르겠지만,

 서열이 확인된 vector를 사용해서 sequencing을 해 보면 원리상 primer 부터 100 bp 정도의 nucleotide는 정확하지 않다고 하네요. - 실험적 문제

 그래도 굳이 확인하시려면 sequencing 의뢰 후 같이 오는 peak가 그려져 있는 그림을 보면 어느정도의 정확도인지 대충 파악 가능합니다.


 그래서 보통 sequencing을 보낼 때는 읽고자 하는 부위부터 100 bp 정도 떨어진 곳을 primer로 짜서 보냅니다.

개구리kakaoblack99  |  02.15 18:03  
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