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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 RNA virus를 pcr 할 때 primer가 문제 있는 것 같은데 뭐가 문제인지를 모르겠습니다...
알삑뽁(대학원생)  |  2019.01.30 15:50

virus 검출 pcr을 연구하는 학생입니다.

virus의 rna prep 후 cDNA 합성을 마치고 가장 증폭이 잘 되는 primer를 찾기 위해

NCBI에서 complate gene을 찾아 primer3 프로그램으로 primer를 여러 쌍 짰습니다.

그 primer들로 유전자 2 sample, nc 4 sample을 duplication으로 real-time PCR을 진행했습니다.


ct값도 적당히 적은 숫자로 나오고 nc도 안 뜨는 primer를 골라서

유전자 sample을 1/10 씩 7번 dilution을 진행했습니다.
(이 때 sample을 7개(10^-1, 10^-2, 10^-3, 10^-4,10^-5, 10^-6, 10^-7), nc를 1개 걸었습니다.)

그런데 dilution 없이 pcr 했을 때는 nc도 안 뜨고 ct 값도 좋게 나왔던 것들이
dilution 후 pcr만 하면 10^-4 농도부터 -7까지 아예 안 뜨거나 27 cycle 정도로 똑같이 뜹니다. 

nc까지도 같은 cycle에서 떠버리는데 뭐가 문제일까요....?



유전자 dilution부터 pcr 까지 실험자 3명이 서로 다른 장소에서 각자 따로 해서 돌렸는데도 3명이 같은 결과값이 나옵니다.

#pcr
 
#rna
 
#primer
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