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종 동정에 사용하는 유전자는 기준이 있습니다.
먼저, 동정에 사용할 생물이 속해있는 생물분류군(원핵생물 또는 진핵생물 등)의 모든 개체가 다 가지고 있는 유전자.
둘째 적당한 길이의 유전자. 너무 짧으면 의미가 없고 너무 길면 분석이 어려우므로 적당한 길이를 가져야 하는데 보통 1-2 kb 정도의 길이가 많이 사용됩니다.
가령, 세균의 16S rRNA는 모든 세균이 가지고 있는 (거의) 보존된 서열이며 길이도 1.6 kb 정도로 분석하기에 딱 좋은 길이입니다.