실험Q&A를 통해 여러분의 지식을 나누어 주세요. 답변을 등록하시려면 로그인 해주세요.
본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
NCBI blastn에서 primer를 확인해본 결과 사용한 R primer는 VEGF121을 증폭하기 위한
primer입니다.
VEGF 3' 서열을 알려드립니다.
VEGF165
:aag ccg agg
cgg taa
VEGF121
:aag ccg agg cgg tga
질문주신거는 스피드님이 잘알려주셔서..
지금상황과는 별개로, vector의 정보는 알고있지만 insert의 정보를 모를 때 insert를 알수있는 방법을 알려드릴게요.
가장쉬운방법은 vector에 존재하는 universial primer를 이용해서 insert 부분을 시퀀싱합니다.
NCBI의 nucleotide blast를 들어가서 insert로 추정되는 시퀀스를 넣고 블라스트를 돌리면 그 시퀀스와 일치하는 유전자 리스트가 쭉 나옵니다.
그걸로 vector에 있는 유전자가 어떤건지 알 수 있습니다.
-
레벨2
궁궁금
(대학원생)
-
19.01.03 09:18
SPEED 님
3' 시퀀스가 위 아래로 바뀐거 아닌지요??
NCBI에 찾아보니, 165의 경우 TGA로 나옵니다.
아뇨, 다시 확인해 보니 제가 올린 정보가 맞네요..
TGA로 종결되는게 121form으로 나와있습니다.
-
레벨2
궁궁금
(대학원생)
-
19.01.03 19:27
165와 121의 참고하신 사이트주소 첨부 한번 부탁드립니다.
CDS 보신거니.. NCBI에서 뉴클레오티드로 검색하신게 맞으신거죠??
1. NCBI 메인 창에서 입력하는 곳 옆의 메뉴를 nucleotide로 설정
2. 키워드 입력하는 곳에 VEGF121 또는 human VEGF121을 입력
3. 검색에서 나온 결과 값중에 원하는 VEGF121의 염기서열을 선택하여 클릭
4. 3'-염기서열을 확인해 보면 TGA로 종결됨을 알수 있습니다.
한참 NCBI에서 primer와 증폭되는 부위를 찾아보니
그림에서 나온 primer로 121과 165모두 증폭되는 것 같습니다.
121과 165 서열을 비교해 보면 165에서 ORD 뒷부분이 변형되어 121의 서열이 되기
때문에 제시한 F, R primer로는 두개 isofprm 모두 증폭되는걸로 생각됩니다.
121과 165단백질의 homology를 조사해 보니 첨부 파일과 같이 나옵니다.
위의 서열이 121, 아래 서열이 165이며 165단백질 뒷부분이 121에는 없습니다.
따라서 F와 R은 동일한 서열임을 알수 있습니다.
-
레벨2
궁궁금
(대학원생)
-
19.01.03 21:11
그럼 결론적으로 제가 제시한 f과 r의primer으로는 121과 165를 구분할수 없다는 말이시죠???
(이전에 speed님이 답변 주신거는 잘못 보신게 맞는가요?)
121과 165의 N-말단과 C-말단에 공통 서열이 존재하기 때문에
제시한 primer로는 121과 165 모두 증폭 가능한것으로보입니다.