실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > etc.
Miseq데이터처리에 관하여 질문드립니다
레벨1 돈기 (대학원생)
Miseq으로 샘플별 count 자료를 정리하는 중 어떻게 처리해야하나 모르겠어서 질문드립니다.
예를들어 샘플별(1,2,3)로 종(a,b,c) 다양성의 변화에 대해 보고자 할 때,
miseq 결과 다음과 같이 나왔다고 가정해보겠습니다.
**동일한 방법으로 추출한 DNA를 동일한 조건으로 PCR하였고 나노드롭으로 DNA양을 동량하여 miseq 분석을 하였을때 결과
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1 |
2 |
3 |
a |
100 |
1500 |
5000 |
b |
200 |
2000 |
4000 |
c |
300 |
1000 |
5000 |
샘플별로 비슷한 효율로 증폭되었으면 비슷한 count를 보였어야 했는데 아쉽게도 위와같이 샘플별로 효율이 다르게 나왔습니다.
제가 처음에 했던 생각은 실험방법에 변화가 없었음으로 count된 수는 달라도 샘플별로 종들의 비율로 비교하면 되지 않을까였습니다. 따라서 위 데이터로 각 종들이 차지하는 비율로 계산하면
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1 |
2 |
3 |
a |
100/600 = 0.167 |
1500/4500 = 0.33 |
5000/14000 = 0.36 |
b |
200/600 = 0.33 |
2000/4500 = 0.44 |
4000/14000 = 0.29 |
c |
300/600 = 0.5 |
1000/4500 = 0.22 |
5000/14000 = 0.36 |
위와 같이 각각 대략 저정도의 값으로 나타내어지며 이후 이 데이터를 사용하여 통계분석을 하였는데요. 이렇게 절대양은 차이가 나지만(이론적으로는 count수가 샘플별로 크게 차이나면 안되는거로 알고있습니다만, 효율에 문제라고 생각됩니다) 각 샘플별 종이 차지하는 비율을 가지고 통계분석을 진행해나가도 되는지요?
제가 통계를 따로 배워본게 아니여서 이렇게 도움을 요청해봅니다.
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