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레벨6
Applied_Microbe
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18.12.09 23:49
16s rRNA의 염기서열들의 구성을 보면 상보적인 부분이 양 끝과 중간 부분들에서 존재하거든요... 그래서 그것들을 이용해서 16s rRNA의 염기서열을 증폭 시킨 후에 증폭된 염기서열을 분석해서 종특이적인 염기서열을 비교해서 동정에 사용합니다.
Variable region이 4군데 정도 있거든요.....
종에 따라서는 이 variable region의 염기서열을 이용해서 genus specific primer나 species specific primer를 design해서 Identification PCR에 응용하기도 합니다.
1. 근데 애초에 16s rRNA를 이용하는 이유가..
: 연구 초기에는 universal primer라는게 없었습니다.
연구를 하다 보니 16s rRNA 서열 중에 종간 보존되는 부위가 있는걸 발견하게
되었고 그 보존되는 서열을 비교하면 같은 종끼리 분류가 가능하다는걸 알게되었습니다.
그때부터 16s rRNA 서열을 미생물 동정에 사용하게 되었습니다.
2. 16s rRNA가 염기서열이 종마다 달라서 균 동정에 좋아서 쓰는건데 왜 염기서열중에
공통된 부분에 binding하는 universal primer를 사용하죠?
: 동정을 한다는 것은 어느 미생물인지 모르다는 뜻입니다.
따라서 어떤 미생물이라도 공통으로 가지고 있는 서열을 가지고 primer를 만들어야지
PCR로 증폭이 되고 증폭된 서열을 가지고 염기서열 분석을 한 후 Database에서 해당
미생물이 어떤 미생물인지 알수가 있습니다.
균마다 고유의 서열을 primer로 만들수는 있지만- 1000개 이상의 primer set가
되겠지만- 동정하기 전에는 어떤 primer로 증폭이 될지 알수가 없습니다.
그렇다고 어떤 미생물인지 알려고 1000개 이상의 primer set로 PCR을 할수는
없는 일이죠..