실험 Q&A Chemical biology > Synthesis
한 Protein의 Ligand를 디자인하려고 합니다. Ligand scaffold는 처음에 어떻게 디자인 해야 하는 건가요?
레벨2 김돌돌 (과기인)
안녕하세요.
저는 지금 한 Protein에 대한 ligand를 디자인하려고 합니다.
이 Protein은 DNA와 결합을 하는데요, 이 Protein-DNA 결합을 억제하려는 용도의 ligand를 개발하고 싶습니다. (해당 Protein은 DNA의 특정 서열과 결합하는 것이 아니라 non-specific 결합을 합니다.) 다시말해, 궁극적으로 Ligand가 존재하는 경우, Protein이 DNA와 결합하지 못하도록, Ligand를 디자인하고 싶습니다.
하지만 저는 다른 분야를 전공해왔기때문에 구조분석에 대해서는 그 지식이 부족합니다.
처음에는 구조분석 프로그램을 다루는 것에 큰 어려움을 느껴서, 실험실에서 내내 가이드북 붙잡고 예제로 Protein-ligand docking 연습하면서 어느정도 프로그램을 다루게는 되었습니다.
(그래도 도출한 데이터를 분석한다던가, 에너지 분석이라던가 이해 되지 않는 부분이 많아 아직 배워야하는 부분은 많습니다.)
그 다음 과정으로는
어느정도 프로그램의 연습은 했으니 예제가 아니라 제가 혼자서 Ligand를 디자인해서,
실제 제가 만든 Ligand가 Protein과 어떤 반응을 하는지 보려고 합니다.
하지만 Ligand를 디자인하는 것에서 막힙니다.
무턱대고 그럴싸하게 벤젠고리 여러개 붙여서 맘대로 디자인할 수 없는 노릇입니다..
Ligand 제작의 고수이신 분들은
Protein 구조만 보고도 "아! 이 부분에는 이 원자들을 붙이면 좋은 Ligand를 만들 수 있겠구나!"하고 생각하시겠죠?? 하지만 저는 처음에 어떤 중심구조 (Scaffold)를 만들고 이 구조를 어떻게 변형해야하는지 감이 잘 오지 않습니다 ㅠㅠ
혹시 Ligand scaffold 제작에 대한 가이드나 순서같은 접근방법이 있나요?
그리고 scaffold 제작하고 이를 변형하여 더 좋은 ligand를 만들어야하는데 그 변형하는데도 접근방법이 있는지요?
알아보기로는 기존에 나와 있는 chemical로 라이브러리를 만들어야한다는 것 같기도 하고..
아직 여러모로 알아보고 있는 중입니다.
그럼 답변 부탁드리겠습니다.
읽어주셔서 감사합니다.
아, 참고로
현재 실험실에는 구조 분석을 위한 프로그램으로 MOE를 사용하고 있습니다.
또 제가 연구하려는 Protein의 구조는 PDB에 존재하기 때문에 새로 정제할 필요는 없습니다.
기존에 구조가 밝혀진 Protein과 새롭게 만든 Ligand 사이의 docking을 확인해서 DNA와의 결합 억제 효과가 있는지 확인하려 합니다.
(고양이 사진은 그냥 업로드 했습니다!)
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