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질문 paper disc method 질문입니다.
개구리학부연구생(대학생)  | 2018.12.04 19:38

안녕하세요. 식물 extract 의 항균력을 알아보기 위해 paper disc 실험을 진행중인
석사2학기 대학원생입니다.


paper disc 실험을 한번 진행보았는데요. positive, negative control, sample 모두 어떤 반응도 나타나지 않아서 무슨 문제가 있는지 선배님들의 도움을 얻고자 질문하려고 합니다.


1. 8 x 1.5mm paper disc 를 사용하고 있는데요. 50 uL 를 loading 하고 5분 건조시켰습니다. 혹시 50 uL 의 양이 적거나 5분 건조하는 시간이 짧은가요? loading 양은 논문을 참고한건데 충분한 양이지 않은가 생각이 되고...건조를 30분에서 3시간까지도 하던데 저는 오히려 증발할까봐 5분만 했는데 이게 문제가 될까요..?

 
 1-1 혹시 분주하고나서 반대방향으로 뒤집어서 plate에 고정시켜야 하나요??
 
 1-2 우선 내일 한번 더 실험을 할껀데 100 ul 분주하고, 페트리디쉬 내에서 뚜껑 닫고 30분 건조시킬 예정입니다.


2. 균을 plate 위에 100 uL 분주해서 스프레딩을 했는데요. 표면이 충분히 마르고 스프레딩을 하라고 해서 30분 건조시키고 했는데요. 혹시 건조시간이 부족했던게 문제가 되나요..?? 나중에 확인해보니 균은 고루 자라 있었습니다.

3. 균은 S.aureus 를 사용하는데요. OD600을 0.6정도로 맞춰서 대략적인 균수를 1x10^8 정도로 맞췄습니다. 이 역시 논문들 참고한건데 만약, 균수가 적다면 문제가 될 것이 있나요?

4. 그리고 번외로 궁금한게 있는데요. broth culture 해서 OD600 측정하려고 할 때 유리관 안에 균들이 가라앉아서 위아래로 피펫팅을 했는데요.(shaking incubation 이 없습니다) 이 과정이 번거로워서 멸균된 팔콘튜브에 옮겨 담고 incubation 하거나 voltexing 해서 쓰려고 하는데요. 멸균된 것 사용하는거니깐 문제 없는거겠죠..? 미생물 실험하는 방이 아니라서 broth 담고 있는 유리관도 뚜껑이 없어서 호일로 감싸놓고 사용하고 있습니다...

도와주시면 감사하겠습니다ㅠㅠ


#paper disc
 
#S.aureus
답변하기
답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  2018.12.04   

1. S. aureus는 잘 자랐다고 한걸로 봐서는 시험균은 문제가 없는것으로 보입니다.

2. positive control은 무엇을 사용했나요?

3. NC, PC, sample은 어디에 녹였나요?

50ul가 적정한 양인지는 결과를 보고 판단합니다.

PC가 정상적으로 결과가 나오고 sample의 결과가 안나오면 시료의 활성이 부족하다고

판단하고 50ul보다 많은 양을 loading하는 것보다- 현재 paper disc에서 50ul 이상은

loading 안하는게 좋습니다-시료를 농축하여 재 실험하는게 좋습니다.

시료를 loading하고 완전히 건조하지 않고 5분 정도 있다가 배양하면됩니다.

Q. 혹시 분주하고나서 반대방향으로 뒤집어서 plate에 고정시켜야 하나요??

: 무슨말인지 ? 시료 loading을 뜻하는지?

균 100ul를 spreading하면 충분합니다.

Q. 표면이 충분히 마르고 스프레딩을 하라고 해서 30분 건조시키고 했는데요.

: 표면이 마르고 spreading 한다는 건 무슨 뜻인지?

미생물 배양에 정해진 용기는 없습니다.

50ml나 15ml 멸균 cornical tube를 사용해도 무방합니다.





개구리학부연구생  |  2018.12.04   

답변 정말 감사합니다!!

1. PC는 시그마사의 클로로팜니콜을 사용합니다.
2. PC는 물에 용해되는 제품으로 구매했기에 증류수에 녹이고, oil 샘플의 경우 100% DMSO, extract 는 증류수에 녹입니다. 따라서 NC는 100% DMSO와 증류수로 했습니다.
3. 분주하고 반대방향으로 뒤집어서 고정한다는 말은 예를 들어 동전 앞면에 분주를 하고 붙일 때 뒤집어서 동전 앞면부분이 바닥에 오게 붙인다는 말입니다! 혹시나...디스크에 시료가 제대로 스며들지 않고 위에만 남아서 그런가 해서 드렸던 질문입니다.
4. 표면이 충분히 마르고 스프레딩하는 건 보통 스프레딩할 때 agar plate 표면이 마른 상태에서 하는 걸 논문이나 글에서 봤거든요. 실제로 agar plate를 만들어서 뒤집어 냉장 보관을 하다가 사용하려고 보니깐 벽면에 물이 조금 있는거 같아 보이더라구요. 그래서 클린벤치 위에서 뚜껑 열어서 반쯤 걸쳐놓고 표면을 건조시켜서 사용했습니다!

Q: 농축해서 실험하는게 좋을 것 같다고 말씀해주셨는데, 농축해서 분주하는게 정확히 어떤거죠...? 저도 이전에 농축해서 분주하는 글을 봤는데 이해를 전혀 하지 못했었거든요..

대왕개구리SPEED  |  2018.12.04   

1. PC는 시그마사의 클로로팜니콜을 사용합니다.

: 클로람페니콜에서도 저해환이 안보이나요?

3. 분주하고 반대방향으로 뒤집어서 고정한다는 말은 예를 들어 동전 앞면에 분주를

하고 붙일 때 뒤집어서 동전 앞면부분이 바닥에 오게 붙인다는 말입니다!

혹시나...디스크에 시료가 제대로 스며들지 않고 위에만 남아서 그런가 해서 드렸던

질문입니다.

: 배지에 균을 도말하고 paper disc를 올리고 그 위에 시료를 loading하면 disc

스며들어 항균 활성이 있는 경우 저해환이 나타납니다.

4. 표면이 충분히 마르고 스프레딩하는 건 보통 스프레딩할 때 agar plate 표면이 마른

상태에서 하는 걸 논문이나 글에서 봤거든요. 실제로 agar plate를 만들어서 뒤집어

냉장 보관을 하다가 사용하려고 보니깐 벽면에 물이 조금 있는거 같아 보이더라구요.

그래서 클린벤치 위에서 뚜껑 열어서 반쯤 걸쳐놓고 표면을 건조시켜서 사용했습니다!

: 배지를 보관 할 때는 항상 오염을 방지하기 위하여 뒤집어서 보관합니다.

따라서 냉장고에서 물리가 생기면 plate 뚜껑에 생기기 때문에 clean bench에서

뚜껑을 아래로 한 상태에서 plate 밑면을 들어서 사용하고 이런 경우 바로 균을

spreading하면 됩니다.


Q: 농축해서 실험하는게 좋을 것 같다고 말씀해주셨는데, 농축해서 분주하는게 정확히

어떤거죠...? 저도 이전에 농축해서 분주하는 글을 봤는데 이해를 전혀 하지 못했었거든요..

: 현재 실험이 정상적이고 sample에서 항균 저해환이 안나올 경우 활성이 약하다고

판단하고 100ul를 50ul로 만든다든지 200ul를 50ul로 만들어서 disc에 loading한다는

뜻이고 이렇게 하는 이유는 disc에 loading가능한 양이 한정적이기 때문입니다.

시료를 농축하는 방법은 동결건조, speed vac.과 같은 진공농축, micro tube에 시료를

넣어 heating block에서 농축하는 방법 등을 이용가능한데 시료의 열 안정성을 모르기

때문에 heating block의 사용은 불가능할 수도 있습니다.

개구리학부연구생  |  2018.12.04   

1. PC에서도 환이 보이지 않습니다..... 
2. 균 도말하고, 디스크 올리고, 그 위에 시료를 뿌리나요??? 저는 실험 관련 영상과 논문을 참고해서 빈 페트리디쉬 위에 디스크를 놓고 샘플을 분주한 뒤 건조시키고 핀셋으로 디스크를 집어서 균 도말된 agar plate 위에 고정시키는 방법으로 햇습니다!!
이게 차이가 클까요...?
3. 아... 농축한다는 것이 그런 말씀이셨군요... 이 실험에서 초보고, 이제 한번 밖에 진행해보지 않은 상태라서 선생님 말씀처럼 하기에는 무리가 있을 것 같습니다..ㅠㅠ
4. 혹시나 샘플의 농도가 낮은가 해서 최고 농도를 5 mg/ml이 아닌 10 mg/ml 으로 하고 싶은데, 소니케이션을 해도 샘플이 증류수에 녹지를 않더군요...주사기 필터를 이용해 봤는데 샘플 소모하는 것에 비해서 yield가 너무 적고...거의 녹지도 않는 상태에서 주사기 필터를 이용하는게 맞는건가 싶기도 해서요..이런 경우에는 어떻게 하면 좋을까요??

대왕개구리SPEED  |  2018.12.04   

1. PC에서도 환이 보이지 않습니다..... 

: 정상적인 실험은 아닌것 같습니다.

균이 클로람페니콜에 내성이 있지는 않을텐데..

클로람페니콜을 선택한 이유는 무엇인가요?

2. 균 도말하고, 디스크 올리고, 그 위에 시료를 뿌리나요??? 저는 실험 관련 영상과 논문을 참고해서 빈 페트리디쉬 위에 디스크를 놓고 샘플을 분주한 뒤 건조시키고 핀셋으로 디스크를 집어서 균 도말된 agar plate 위에 고정시키는 방법으로 햇습니다!!
이게 차이가 클까요...?

: 차이가 있습니다. 바닥에 시료가 묻고 해서 정확한 양의 시료가 균에 영향을 주기가

힘듭니다.

4. 혹시나 샘플의 농도가 낮은가 해서 최고 농도를 5 mg/ml이 아닌 10 mg/ml 으로 하고 싶은데, 소니케이션을 해도 샘플이 증류수에 녹지를 않더군요...

: 이런경우 유기용매에 최대한 고농도로 stock을 만들어서 그다음 실험할 농도로 멸균수에

희석하면 됩니다.

개구리학부연구생  |  2018.12.04   

우선, 계속적인 질문에도 친절히 답변해 주셔서 다시 한번 감사합니다!!!

1. S.aureus ATCC 25923 균주를 이용해서 paper disc 실험을 진행한 논문들을 읽어봤을 때 압도적으로 많은 것은 아니었지만 PC로 사용한 사례가 다수 있어서 선택하게 되었습니다!

2. 논문들을 다시 보니 plate 위에 올려놓고 분주하는 것과 빈 dish 위에 올려놓고 분주한 뒤 이동시키는 것이 모호하게 표현이 되어 있는 것 같은데, 그럼 선생님께서는 전자의 경우를 추천하시나요?!(균 도말된 plate 위에서 분주)

3. 유기용매에 녹이면 고농도로 녹일 수 있을까요?! 그리고 고농도로 stock을 만들어서 멸균수에 희석했을 때 유기용매를 완전히 배제할 수 있나요??  

대왕개구리SPEED  |  2018.12.04   
1. S.aureus ATCC 25923 균주를 이용해서 paper disc 실험을 진행한 논문들을 읽어봤을 때 압도적으로 많은 것은 아니었지만 PC로 사용한 사례가 다수 있어서 선택하게 되었습니다!
: 참고 문헌을 찾아보니 크롤람페니콜에 내성이 부분적으로 있다고 합니다.
다른 항생제로 바꾸는게 좋지 않을까 합니다.

2. 논문들을 다시 보니 plate 위에 올려놓고 분주하는 것과 빈 dish 위에 올려놓고 분주한 뒤 이동시키는 것이 모호하게 표현이 되어 있는 것 같은데, 그럼 선생님께서는 전자의 경우를 추천하시나요?!(균 도말된 plate 위에서 분주)
: 추천하는게 아니라 정확한 양을 올리기 위해서는 plate -> dics -> sample loading순으로 해야합니다.

3. 유기용매에 녹이면 고농도로 녹일 수 있을까요?!
그리고 고농도로 stock을 만들어서 멸균수에 희석했을 때 유기용매를 완전히 배제할
수 있나요??
:  물에 안녹는다고 하니까 그럼 유기용매에 녹을 겁니다.
만약 시험 농도의 50배 농도로 만들면 1X로 희석했을 때 멸균수에 2% 정도 유기용매가
들어갑니다. 이것은 증류수에 유기용매 2%로 유기용매 대조군을 별도로 disc에 올려서
같이 확인을 하면 됩니다.
개구리학부연구생  |  2018.12.05   
1. 찾아봐주셔서 정말 감사합니다, 선생님. 혹시, 참고문헌 저도 알 수 있을까요?!
2. 그러면 선생님 말씀 참고하여 plate -> dics -> sample loading 순서로 한번 진행해보도록 하겠습니다.
대왕개구리안재진  |  2018.12.05   

1. 디스크를 핸들링 할수 있다면 문제 없습니다.

1.1 disk를 올려놓고 뒤집어도 괜찮습니다. 떨어지지는 않지만 혹시 떨어질수도 있어 정방향으로 올리면 더 안전하게 시험을 할수 있습니다.

2. 스프레딩보다는 top agar 방식으로 lawn을 만들어 주는게 이쁘게 나옵니다.

3. 균수보다 lawn 형태로 나오는게 좋은 결과가 될것입니다. 저같은 경우는 전날 배양한 균을 1 % 로 접종하면 보기 좋은 형태로 나왔던것 같습니다.

4. 배양부터 플라스틱 튜브에서 배양해도 괜찮습니다.

개구리학부연구생  |  2018.12.05   

안녕하세요!! 답변주셔서 정말 감사합니다!!

1. top agar 방식이 주입평판법 말씀하시는게 맞나요?? 아니면, 어느 논문을 보니깐 이중배지?를 만들어서 하던데 그거 말씀하시는건가요?? 제가 미생물 전공자가 아니라서 잘 모릅니다...

2. 디스크 핸들링 할 수있다면 문제가 없다는게 혹시 어떤 말씀이신가요..?ㅠㅠ

3. 균수보다 lawn 형태로 나오는게 좋은 결과라고 말씀하신게, 주입평판법과 연결된 말씀이신거죠??? 

4. 선생님 말씀대로 broth culture 부터 코니컬튜브에 할 생각입니다!!

대왕개구리SPEED  |  2018.12.05   

평판 배지 disc 확산법은 여러가지 방법으로 실험 가능합니다.

실험자 손에 익은 방법이 가장 좋으며 여러가지 방법으로 하더라도 각 방법에

익숙하면 결과는 거의 동일하게 나옵니다.

대왕개구리안재진  |  2018.12.05   
첨부파일 파일첨부: 제목 없음.png (368 KB)
이미지 첨부파일

그리고 오늘 양성대조군으로 P/S (항생제)로 진행한 결과를 올려 드립니다.
빈 agar에 균을 접종한 soft agar (0.7% agar) 를 올린 플레이트 입니다.


1. top agar 방식이 주입평판법 말씀하시는게 맞나요?? 아니면, 어느 논문을 보니깐 이중배지?를 만들어서 하던데 그거 말씀하시는건가요?? 제가 미생물 전공자가 아니라서 잘 모릅니다...

-> 기존 1.5% 아가 위에 저는 0.7% 아가를 (soft agar)를 만들어서 1 % 균을 접종하고 90 mm Dish 기준 5 ml 정도 넣어주고 4~5시간이면 lawn을 볼수 있습니다. O/N 을 하면 더 선명히 lawn을 볼수 있습니다.

2. 디스크 핸들링 할 수있다면 문제가 없다는게 혹시 어떤 말씀이신가요..?ㅠㅠ

-> 핸들링이라고 말한건 말그대로 포셉으로 쉽게 잡을수 있고 바닥면에 샘플이 남지 않는 등 또 쉽게 떨어지는 상태 이런것을 말합니다.

3. 균수보다 lawn 형태로 나오는게 좋은 결과라고 말씀하신게, 주입평판법과 연결된 말씀이신거죠??? 

-> lawn형태가 좋은 결과다 라고 말하는 것보다 lawn 형태가 보기가 이쁩니다.

4. 선생님 말씀대로 broth culture 부터 코니컬튜브에 할 생각입니다!!

-> speed 님의 말처럼 어디다 해도 큰 문제는 없을 것입니다.



개구리학부연구생  |  2018.12.05   
답변 감사합니다. 선생님!

조금 전에 실험을 진행했는데요. 아직 결과가 나오지 않아서 어떨지는 모르겠지만...이번에도 실수를 진행한 것 같아서요.

1. 우선, 기존 1.5% 아가 라는게 일반적으로 만들 때처럼 1L에 파우더 4g 넣어서 만든 그 상태를 말씀하시는거죠? 그리고 0.7%는 그에 맞게 계산해서 파우더양을 더 적게 넣어서 만든 상태인거고..그리고, 1% 균을 접종하실 때의 균농도는 어떻게 정하셔서 하신건가요? 싱글코로니따서 broth에 풀고 바로 접종하시는건가요?? 

2. OD600에서 0.6을 측정해서 균농도를 대략적으로 맞춰서 하는데요. 정확히 0.6을 맞출 수가 없고, 최대한 비슷하게 맞추려고 노력중인데 쉽지가 않고 맞추다 보니깐 시간도 거의 20분가까이 되고 그러더라구요...보통 OD측정하고 30분이내에 실험 진행하라고 하던데...혹시 노하우가 있을까요?

3. 8 x 1.5 mm paper disc 를 기준으로 50uL 분주하니깐 paper 바닥에 흘러남지 않고, 60uL를 분주하니깐 1ul? 이정도 흘러남더라구요. 100uL은 완전히 흘러넘치고 하던데, 50uL이 적당한 양이겠죠?

내일 결과가 어떨지 기대보다는 겁이 나네요ㅠㅠ


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