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질문자가 얘기한것 처럼 전기영동에서 분자량 측정하는 것은 한계가 있습니다.
전기영동이라는 방법이 각 분자량 marker가 일정한 비율로 동일하게 이동하는 것은
아니기 때문에 R^2값이 높게 나오지 않습니다.
agarose 전기영동, Gelfitration에서 분자량 측정 또한 R^2값이 높게 나오지 않습니다.
어느정도 오차를 감안해야 하며 가장 정확하게 SDS-PAGE에서 분자량을 측정하는
방법 중의 하나는 예를들어 35kDa단백질이 sample이라면 35kDa 바로 위의 marker와
바로 밑의 marker를 직선으로 계산해서 35kDa 단백질의 분자량을 계산하는 것입니다.
marker 전체를 기준으로 계산하면 분자량 오차가 가장 크게 계산됩니다.