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protocol을 변경해서 해결되는 문제는 아니라고 보여지며
primer가 분해되어 비특이적 band의 증폭이 늘어난것으로 보입니다.
예전에 비슷한 경험이 있어서 아마도 시간일 갈 수록 이런 현상이 더 심해질것입니다.
acrylamide 전기영동으로 primer를 전기영동 해보면 primer 분해를 확인할 수 있으며
primer를 재합성해서 PCR해보면 원래 잘나오던 결과가 나올겁니다.
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레벨6
Applied_Microbe
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18.11.27 20:04
Temple DNA 상태가 않좋아도 저러던데요.....
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레벨1
Q.E.D.
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18.11.28 03:26
저도 얼마 전에 이런 경우가 생겼었는데 primer쪽 문제였었어요
기존에 사용하던 primer를 버리고 새걸로 해 봤는데
다시 밴드가 잘 나오더라구요 ^ ^
그런데 gel의 well 크기가 같은게 맞나요?
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레벨2
판다의브레인
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18.11.28 16:24
첫번째분 답변하신 내용이 맞습니다
Primer 분해되서 일부가 증폭된거 맞습니다.
Primer 바꾸시면 될것 같아요.
Smear하게 나오는 이유는
Oligo sugar(DNA)가 Amplify 되어 끈적끈적 해지기 때문이구요
이상한 현상아닙니다.
설탕이 물에 녹으면 끈적거리듯이 DNA도 PCR로 증폭하면 상대적으로 끈적끈적 해집니다.
예민하신분들은 알 수 있어요.