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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 DNA추출 후 PCR 관련 질문드립니다..
알실험인7(일반인)  |  2018.11.23 00:02

안녕하세요..

조류의 깃털로 dna를 추출하여, pcr실험하는 비전공자 입니다.


○조류의 깃털중 새로나온 깃털은(혈액이 묻어있음) 원하는 결과가 잘 나오는데,

○기존 일반깃털은(혈액이 묻어있지 않은) 원하는 결과가 나오지 않습니다.

   (dna추출 시약은 연구소에서 구매한 추출kit을 사용하고 있습니다.)


이러한경우,

1. dna추출이 안되었거나, 추출양이 적은걸로 판단이 되는데 맞는지요?

2. 또는 다른 요인이 있는지요?
   (참고로, dna양이나 순도를 측정 할 장비는 없어요)

3. 간단히 dna양이나 순도를 측정하는 방법도 좀...알려주심 감사하겠습니다..


답변 미리 감사드립니다.

#DNA추출
 
#lysis
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.

깃털에서 추출해야 할 특별한 이유가 있는건가요?

genomic DNA는 깃털이나 혈액이나 동일합니다.

조직 별로 발현된 mRNA는 틀리겠지만 개체 별로 가지고 있는 DNA는 어느 조직이든

동일합니다.

그리고 아마도 혈액에서 DNA가 추출되어 DNA +/- 결과가 나온 것 같습니다.

대왕개구리SPEED  |  2018.11.23   

SPEED님 매번 답변 감사합니다..


깃털로 조류의 성별을 감별합니다...

혈액보다는 깃털이 편해서 깃털을 선호하구요..

근데, 깃털 템플릿 상태가 가지 각색이다 보니 DNA추출이 쉽지 않네요..편차도 크구요..


여쭤봤던 요지는,

깃털중에서도 혈액이 포함된 깃털이 있는데 이것은 결과가 잘 나오는데,

혈액이 묻어있지 않은 깃털은 원하는 PCR결과가 나오지 않기에.....

그 원인이 lysis과정에서 문제가 있는게 맞는지,

아님, 다른 요인이 작용할 수 있는지 여쭤본거에요..

그리고, 추출된 dna양이나 순도를 측정하는 방법은 어떻게 하는지도요..
(원인을 찾기위해서-실제로 측정결과 일반깃털에서 dna양이 적게 추출 되었다면, 그원인이 맞으니...)

알실험인7  |  2018.11.23   

깃털중에서도 혈액이 포함된 깃털이 있는데 이것은 결과가 잘 나오는데,

혈액이 묻어있지 않은 깃털은 원하는 PCR결과가 나오지 않기에.....


그 원인이 lysis과정에서 문제가 있는게 맞는지,

: 네.. 깃털에서 DNA 추출이 잘 안되는것 같습니다.

또는 잘 안되는게 아니라 PCR 검출 감도를 생각할 때 거의 추출이 안된다고 보는게

타당할 것 같습니다.

혈액이 묻어 있는 시료는 혈액에서 추출된 DNA에서 증폭되었을 겁니다.

깃털과 혈액에서 DNA 추출 용이성을 비교하면 100배 이상 차이가 날 겁니다.

따라서 혈액이 조금이라도 있는 시료는 DNA 추출이 정상적으로 되어 PCR 결과가 잘

나올겁니다.

깃털에서 DNA 추출 시약은 혈액에서 DNA 추출에도 사용가능하기 때문입니다. 


그리고, 추출된 dna양이나 순도를 측정하는 방법은 어떻게 하는지도요..

: 보통 분광광도계를 사용하여 측정하거나 형광물질을 결합하여 분광광도를 측정합니다.

추출양이나 순도를 측정하기전에 PCR에서 증폭이 안된다면-primer가 정확하다면-

DNA양은 zero에 가깝습니다.

PCR 증폭 감도는 DNA 1가닥만 있어도 확인 가능할 정도로 증폭이 가능하기 때문에 현재

문제는 DNA 추출 수율을 높이는 방법을 개선하는게 좋지 않을까 합니다.

대왕개구리SPEED  |  2018.11.23   

추가적으로 현재 사용하는 kit가 깃털에서 DNA 추출용일것 같습니다만..

동일 kit를 사용해도 실험자 마다 편차가 발생하는게 실험입니다.

특히 추출하기 힘든 시료에서 DNA를 추출하는 실험은 더욱 그렇습니다.

DNA 추출 실험을 어떻게 하는지 설명을 해주시면 개선 사항이 있는지 검토해

드리겠습니다.

대왕개구리SPEED  |  2018.11.23   

SPEED님 답변 감사드립니다..

타인의 지식을 문답으로 얻으려니 염치가 없네요...

가까이 계시면 소주라도 사드리고 싶은 심정입니다..^^


DNA추출과정을 말씀드리면,

기존에는 시약회사에서 구매해 단계적인(정석적인) DNA추출을 하였습니다.<아래>



그러나, 검사결과가 매번 좋았던 것은 아니구요..
(물론 말씀하신 실험자의 편차가 있을 수 있구요)

또한, 위의 경우 여러과정을 거치다보니 번거롭고 오염에 노출되는 경우도 많아서

현재는, 00바이오에서 구매한 MIX된 lysis시약에 95℃에서 15분 히팅하고,

dna추출을 마칩니다.--많이 편해요...근데 일반깃털에는 반응을 잘 안하는 단점이..

(템플릿이 시약에 잘 반응하도록 완전히 잠기게 하고,버텍싱에 유념하며...)

<잘 반응>        <잘 반응하지 않음> 
             



cf. 혹시, 조류의 깃털같은 것에서 DNA추출을 용이하게 할 수 있는 lysis조성법 알고 계시면 좀.... 또는, 공급하는 연구소 알고 계심 쪽지로좀 알려주세요...

제가 나름 개선하기 위해 여러방법으로 변경을 해서 실험을 하고는 있는데, 비 전공자다보니 한계가 있네요. ^^

답변 미리 감사드립니다..

알실험인7  |  2018.11.23   

이전에 사용하는 방법-kit 사용-과 현재사용하는 방법은 깃털에서 DNA 추출하기

힘든 방법입니다.

따라서 혈액 유무에 따라 결과가 흔들리는 것은 당연합니다.

메일 남깁니다. speedk89@naver.com

대왕개구리SPEED  |  2018.11.23   

깃털의 경우 효과적인 라이시스를 위해 시료를 잘게 쪼개주는 과정이 중요할 것 같습니다.

얼마전에 봤던 동영상이 도움이 될까싶어 링크복사드립니다.
https://www.youtube.com/watch?v=90Gsxal57-g


추가적으로, 조직을 잘게 찢어주는 과정(공이로 빻아 분쇄되도록)을 용이하게 하기 위해 질소를 이용하는 경우를 논문에서 본 기억이 있습니다.

알두부만두튀김  |  2018.11.30   

깃털은 사람의 머리카락 같은 케라틴 조직입니다.


세포핵이 존재하지 않으니 깃털만으론 DNA추출이 안되는 게 아닐까요?


사람도 머리카락으로 유전자 검사할 때 끝의 모근이 있어야 검사가 되는 것으로 알고있습니다.

지나가던 수의대학생  |  02.12 10:52   
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