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Tm의 정의를 보면 알겠지만 RNA는 Tm이라는 숫자가 적용 안되지 않나요?
그리고 RNA 실험에서 Tm이 필요한 실험이 있을까요?
RNA의 경우 특별한 경우를 제외하고는 단일가닥으로 존재를 하며 가닥내에서 비특이적
수소 결합을 형성하기 때문에 RNA의 Tm을 구하여 사용할 필요성이 많지 않겠죠.
하지만 RNA oligomer를 사용한 결합 실험이 필요한 경우에도 Tm이 필요한 실험이 있을까
생각해 보면 금방 떠오르지 않네요.
실제로 필요한 melting temperature 값은(측정은 할 수 있지만 이론상 값을 구해보고
싶어서요)두개이상의 DNA를 붙였을 때의 값인데
: 이건 무슨 뜻인지 이해가 잘 안되네요.. 2중가닥 DNA를 얘기하는 건가요?
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레벨1
ruin
(대학원생)
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18.11.06 15:07
질문자입니다.
네 그 여쭈어보신 부분은 이중가닥 dna 이야기 입니다.
rna의 경우는 dna구조체 안에 rna가 포함되어 있는데 이 경우 melting temperature를 구할 수 있는지
궁금해서 여쭤본것입니다!
Q. rna의 경우는 dna구조체 안에 rna가 포함되어 있는데 이 경우 melting temperature
를 구할 수 있는지..네. 구할 수 있습니다.
이 경우는 이중가닥 DNA가 아니라 DNA-RNA hybrid의 경우이구요..
hybrid된 서열(길이)을 알면 Tm 값이 나옵니다.
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레벨1
DASgesunde
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18.11.07 18:05
질문자께서 찾고자 하시는게 이런 사이트인지..
http://biotools.nubic.northwestern.edu/OligoCalc.html
여기서 option에서 ssDNA / ssRNA / dsDNA / dsRNA 선택하셔서 계산해보시면 어떨까요.
근데 해보시면 알겠지만 50-nt 이하의 ssDNA와 ssRNA는 hybrid이든 homo이든
실험상의 유의미한 Tm값이 차이는 크게 나지 않을 거라 생각합니다.
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레벨1
ruin
(대학원생)
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18.11.08 12:03
음.. DNA-RNA hybrid도 있고, DNA 이중가닥 형태도 있어요 ㅠ 구할 수 있는지 없는지가 아니라 구할 수 있는 건 아는데 구할 수 있는 곳이 어디 있을지가 궁금했는데 찾기가 힘드네요 ㅠ
저 사이트는 서열을 입력하면 자동으로 상보서열이 입력되는 거 같던데 두 서열이 조금 다른 모양이라서요 ㅠ 직접계산을 해봐야될까요 하하하
Q. 두 서열이 조금 다른 모양이라서요 ㅠ 직접계산을 해봐야될까요어떤 모양인지 젼혀 알수는 없지만 손으로 계산해도 되고 자동으로 계산해주는 사이트를
이용해도 됩니다.